Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek Sędziowie sędzia NSA Artur Mudrecki sędzia NSA Zofia Przegalińska (spr.) Protokolant Agnieszka Szarc vel Szic po rozpoznaniu w dniu 19 października 2006 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 6 września 2005 r. sygn. akt III SA/Wa 1960/05 w sprawie ze skargi J. M. prowadzącego działalność gospodarczą pod firmą Przedsiębiorstwo Produkcyjno-Handlowo-Usługowe "M." w S. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] października 2002 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie o podatek od towarów i usług oddala skargę kasacyjną
Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzję Głównego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] października 2002 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie podatku od towarów i usług dotyczącej J. M. prowadzącego działalność gospodarczą pod nazwą Przedsiębiorstwo Produkcyjno-Handlowo-Usługowe "M." w S. oraz poprzedzającą ją decyzję Głównego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] lipca 2002 r.
Z uzasadnienia zaskarżonego wyroku wynika, że Inspektor z Urzędu Kontroli Skarbowej w Łodzi wydał w dniu [...] marca 2001 r. decyzję określającą Przedsiębiorstwu "M." zobowiązanie w podatku od towarów i usług i zaległość podatkową za luty, marzec, kwiecień, lipiec i listopad 1999 r. oraz odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych, natomiast za maj 1999 r. nadpłatę w podatku od towarów i usług, ustalił też dodatkowe zobowiązanie podatkowe za marzec, kwiecień i lipiec 1999 r. Decyzja stała się ostateczna, gdyż podatnik nie wniósł odwołania.
Jak wynika dalej z uzasadnienia zaskarżonego wyroku, Główny Inspektor Kontroli Skarbowej odmawiając stwierdzenia nieważności decyzji z [...] marca 2001 r. powołał się na art. 147 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej podnosząc, że w postępowaniu o stwierdzenie nieważności decyzji bada się jedynie, czy dana decyzja ostateczna została wydana z rażącym naruszeniem prawa. Ostatecznie Główny Inspektor Kontroli Skarbowej nie znalazł podstaw do stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w części dotyczącej dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług. Inspektor w decyzji ostatecznej ustalił dodatkowe zobowiązania podatkowe za miesiące, w których kwota uszczuplenia podatkowego wskazywała na popełnienie przestępstwa skarbowego.
Na skutek skargi wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego ze wskazaniem, że Inspektor zastosował sankcję z art. 27 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, co zdaniem strony skarżącej nie powinno mieć miejsca z uwagi na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 29 kwietnia 1998 r. oraz ze wskazaniem, że doszło do rażącego naruszenia art. 6 ust. 8 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym i § 6 ust. 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia z 1997 r. przez opodatkowanie zaliczki, która wynosiła 10% wartości umowy, Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił zaskarżoną decyzję uznając, że doszło do naruszenia art. 130 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, gdyż zarówno decyzję wydaną w pierwszej, jak i w drugiej instancji podpisała ta sama osoba, tj. Sekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej.
Naczelny Sąd Administracyjny w wyniku wniesionej skargi kasacyjnej Głównego Inspektora Kontroli Skarbowej uchylił wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia temu Sądowi, stwierdzając, że obowiązujący od 1 lipca do 31 grudnia 2002 r. przepis art. 8 ust. 1 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej nie przewidywał stosowania art. 130 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej do organów kontroli skarbowej, a takim organem jest Główny Inspektor Kontroli Skarbowej.