Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (spr.), Sędzia NSA Krzysztof Stanik, Sędzia WSA (del) Dagmara Dominik - Ogińska, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 8 maja 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. G. - W. A. G. "S. M." od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 4 kwietnia 2011 r. sygn. akt III SA/Wa 2991/10 w sprawie ze skargi A. G. - W. A. G. "S. M." na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 9 września 2010 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od stycznia 1999 r. do listopada 2000 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od A. G. - W. A. G. "S. M." na rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.
1.1. Wyrokiem z 4 kwietnia 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 2991/10, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę "S." na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z 9 września 2010 r. w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od stycznia 1999 r. do listopada 2000 r.
1.2. Przedstawiając stan faktyczny sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w G. postanowieniem z 26 lipca 2006 r., na podstawie art. 24 ust. 1 pkt 3 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65 ze zm., dalej "ustawa o kontroli skarbowej") zakończył postępowanie kontrolne prowadzone wobec "S.", z uwagi na przedawnienie zobowiązań podatkowych w podatku VAT za poszczególne miesiące od stycznia 1999 r. do listopada 2000 r. Następnie postanowieniem z 15 listopada 2006 r. Dyrektor UKS w G. wszczął postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług podatnika za okres od stycznia 1999 r. do listopada 2000 r. Postępowanie to zakończone zostało wydaniem przez Dyrektora UKS w dniu 19 grudnia 2006 r. decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za ww. okresy rozliczeniowe. Decyzja ta stała się ostateczna w administracyjnym toku instancji.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej (dalej GIKS) decyzją z 21 czerwca 2010 r. stwierdził nieważność decyzji Dyrektora UKS w G. z 19 grudnia
2006 r., wydanej w sprawie podatku VAT za poszczególne miesiące od stycznia 1999 r. do listopada 2000 r. Organ uznał, że wydanie decyzji z 19 grudnia 2006 r., bez uprzedniego wzruszenia postanowienia z 26 lipca 2006 r., kończącego postępowanie kontrolne wobec podatnika, stanowiło rozstrzygnięcie w tej samej sprawie, a zatem zachodziła podstawa do stwierdzenia nieważności tej decyzji w oparciu o art. 247 § 1 pkt 4 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 ze zm., dalej "O.p."). Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, w związku z wnioskiem strony, GIKS decyzją z 9 września 2010 r. utrzymał w mocy swoją decyzję wydaną w pierwszej instancji.
2. Skarga do Sądu pierwszej instancji.
2.1. W skardze do WSA w Warszawie strona wniosła o uchylenie decyzji GIKS z 9 września 2010 r. oraz poprzedzającej ją decyzji tego organu z 21 czerwca 2010 r.
Skarżąca zarzuciła organowi naruszenie art. 247 § 1 pkt 3 i 4 O.p., przez stwierdzenie nieważności decyzji z 19 grudnia 2006 r., przy braku okoliczności jednoznacznie potwierdzających zaistnienie ku temu przesłanek oraz nierozważenie charakteru prawnego tej decyzji, jako rozstrzygnięcia zmieniającego postanowienie z Dyrektora UKS w G. z 26 lipca 2006 r.
W piśmie procesowym z 28 marca 2011 r. skarżąca podniosła, że postanowienie z 26 lipca 2006 r. nie prowadziło do rozstrzygnięcia sprawy, lecz było innym sposobem zakończenia postępowania. Tym samym decyzja z 19 grudnia 2006 r. była pierwszym i jedynym aktem rozstrzygającym sprawę. Wskazała, że inny był zakres postępowania zakończonego postanowieniem, a inny postępowania zakończonego decyzją z 19 grudnia 2006 r. Pierwsza kontrola - zdaniem skarżącej - zmierzała do określenia zaległości podatkowej i nakierowana była na ochronę interesu Skarbu Państwa, a druga kontrola zmierzała do zebrania informacji koniecznych do stwierdzenia nadpłaty i nakierowana była na ochronę interesu podatnika. Zakres czasowy oraz przedmiotowy analiz w obu postępowaniach kontrolnych nie pokrywał się. Nie mogły zatem pokrywać się zakresy rozstrzygnięć zapadłych w obu sprawach. W ocenie strony, po wydaniu postanowienia o umorzeniu postępowania kontrolnego dopuszczalne było ponowne przeprowadzenie postępowania kontrolnego. Terminy przedawnienia prawa do zwrotu nadpłaty oraz przedawnienia zobowiązania podatkowego są odmienne. Jeśli zatem organ stwierdził, że przedawniło się zobowiązanie podatkowe, nie oznacza to, że stwierdził jednocześnie przedawnienie prawa do zwrotu nadpłaty. Dodatkowo strona podniosła, że postanowienie z 26 lipca 2006 r. nigdy nie zostało jej doręczone i nie stało się dotąd ostateczne, a zatem decyzja z 19 grudnia 2006 r. z zasady nie mogła dotyczyć sprawy uprzednio rozstrzygniętej decyzją czy też postanowieniem ostatecznym.