Dochód fundacji, której cel statutowy stanowi wspieranie działalności naukowej, jest w części wykorzystanej na lokatę kapitału przez nabycie papierów wartościowych wolny od podatku dochodowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 w związku z art. 17 ust. 1a pkt 2 i art. 17 ust. 1b ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./.
Sąd Najwyższy w sprawie ze skargi Fundacji na Rzecz Rozwoju Nauki Polskiej z udziałem Prokuratora Prokuratury Krajowej Piotra W. w sprawie ze skargi Fundacji na Rzecz Rozwoju Nauki Polskiej na decyzje Izby Skarbowej w W. z dnia 13 maja 1999 r., (...) z dnia 20 marca 1999 r., (...) z dnia 27 sierpnia 1999 r., (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za lata 1995-1997, po rozpoznaniu na posiedzeniu w Izbie Administracyjnej, Pracy i Ubezpieczeń Społecznych w dniu 13 marca 2002 r., zagadnienia prawnego przekazanego przez Sąd Najwyższy postanowieniem z dnia 17 września 2001 r., III RN 127/01:
Czy zwolniony od podatku od osób prawnych jest dochód fundacji, której celem statutowym jest wspieranie działalności naukowej /poprzez jej finansowanie i promowanie/ w części wykorzystanej na nabycie papierów wartościowych /art. 17 ust. 1b ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./?
podjął uchwałę:
Przedmiotowe zagadnienie prawne wyłoniło się w trakcie rozpoznawania przez zwykły skład Sądu Najwyższego rewizji nadzwyczajnej wniesionej przez Rzecznika Praw Obywatelskich od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 26 stycznia 2001 r. (...). Wyrokiem tym oddalono skargę Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej wniesioną wobec trzech decyzji Izby Skarbowej w W. z dnia 13 maja oraz 20 i 27 sierpnia 1999 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych, który za lata 1995-1997 naliczono skarżącej w związku z ustaleniem, że część swego dochodu przeznaczyła na zakup papierów wartościowych. Statutowym celem tej Fundacji jest działanie na rzecz nauki przez wspieranie naukowców i zespołów badawczych, wspieranie transferu polskich osiągnięć naukowych do praktyki gospodarczej, wspomaganie inicjatyw inwestycyjnych służących nauce w Polsce, zaś realizacja tych celów następuje przez zwrotne lub bezzwrotne dofinansowanie lub finansowanie, a także przez udział w przedsięwzięciach zgodnych ze statutowymi celami Fundacji /par. 5 ust. 1 i par. 5 ust. 2 lit. "a" Statutu/. Fundacja uważa, że zakup papierów wartościowych /bonów skarbowych i akcji/ stanowi jedynie formę realizacji statutowego "celu naukowego", gdyż pozostające w jej dyspozycji środki są w korzystny i bezpieczny sposób lokowane /tezauryzowane/ po to, aby je w odpowiednim czasie, gdy będą potrzebne, wykorzystać, czyli wydatkować na promocję i finansowanie badań naukowych.
Zakupienie papierów wartościowych jest więc w sensie decyzyjnym i od strony faktycznej jedynie zdarzeniem pośredniczącym, pozbawionym samoistnego znaczenia. Wspomniany zakup usytuowany jest w ciągu działań, które dla oceny prawnej trzeba ze sobą łączyć, gdyż "umieszczając" dochód w papierach wartościowych Fundacja nie odstępowała od wcześniej zadeklarowanego organom podatkowym przeznaczenia go na wspieranie polskiej nauki. Wprost przeciwnie, owo przeznaczenie "ubezpieczała" w drodze lokaty zapewniającej przyrost środków, cały czas przeznaczonych na statutowe cele. Innymi słowy, dochód z każdego roku podatkowego objętego niniejszą sprawą pozostaje ciągle - także w postaci papierów wartościowych - w stanie potencjalnego przeznaczenia na cele naukowe dopóty, dopóki nie zostanie "skonsumowany", to znaczy rzeczywiście wydatkowany na przewidziane cele albo ewentualnie na inne cele, co zresztą w przedmiotowych okolicznościach nie miało miejsca, a byłoby skądinąd naruszeniem postanowień Statutu.
Zachowanie Fundacji inaczej natomiast zakwalifikowały organy skarbowe, a następnie Naczelny Sąd Administracyjny, który musiał jednak respektować wykładnię ustaloną przez skład siedmiu sędziów tego Sądu w uchwale z dnia 20 listopada 2000 r., FPS 9/00, powziętej w trybie art. 49 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./. Co prawda, w pierwszym punkcie tej uchwały uznano, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ zwolnieniu od tego podatku podlegają dochody podatników, których statutowym celem jest zarówno bezpośrednie prowadzenie działalności naukowej, jak też "tylko" jej "wspieranie", ale w punkcie drugim orzeczenia wyrażono równocześnie pogląd, że w świetle przepisów art. 17 ust. 1 pkt 4, art. 17 ust. 1a pkt 2 i art. 17 ust. 1b powołanej ustawy wspomniane zwolnienie nie obejmuje części dochodu, którą wspierający naukę podatnik przeznaczył i wydatkował na nabycie papierów wartościowych. Szczegółową argumentację tego twierdzenia, zawartą w uzasadnieniu powołanej uchwały i powtórzoną w znacznej mierze w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, można by w syntetycznym ujęciu sprowadzić do następującego wnioskowania.