W świetle art. 285a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.) skarga o stwierdzenie niegodności z prawem prawomocnego orzeczenia wojewódzkiego sądu administracyjnego przysługuje zarówno względem tych orzeczeń, które w ogóle nie były zaskarżone skarga kasacyjną, jak i tych, które uprawomocniły się w wyniku oddalenia przez Naczelny Sąd Administracyjny skargi kasacyjnej, o ile ich zmiana lub uchylenie w drodze innych przysługujących stronie środków prawnych nie było i nie jest możliwe.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Antoni Hanusz Sędziowie: Sędzia NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca) Sędzia NSA Grzegorz Krzymień po rozpoznaniu w dniu 5 marca 2013 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi K. A. o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego orzeczenia od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 30 stycznia 2004 r., sygn. akt I SA/Kr 68/03 oddalającego skargę K. A. na decyzje Izby Skarbowej w K. z dnia 5 grudnia 2002 r., nr [...], [...], [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za lata 2000-2002 postanawia: odrzucić skargę o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego orzeczenia.
1. Wyrokiem z dnia 30 stycznia 2004 r., I SA/Kr 68/03, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargę K. A. (powoływanej dalej jako "Skarżąca") na decyzje Izby Skarbowej w K. z dnia 5 grudnia 2002 r., nr [...], [...], [...], w przedmiocie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za lata 2000-2002. Jako podstawę prawną rozstrzygnięcia podano art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; dalej w skrócie: p.p.s.a.) w zawiązku z art. 97 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Przepisy wprowadzające (...) ustawę - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1271). Wyrok jest dostępny na stronie internetowej: http://orzeczenia.nsa.gov.pl/.
2. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi (przedstawiony przez Sąd pierwszej instancji):
2.1. Uzasadniając swoje rozstrzygnięcie, WSA w Krakowie podał, że w dniu 12 sierpnia 2002 r. Skarżąca wystąpiła z wnioskiem o zwrot nadpłaty w kwotach odpowiednio 340.322,50 zł, 308.157,30 zł i 286.066,30 zł, co uzasadniła tym, że kwoty te dotyczą podatku i zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych za lata 2000 i 2001 oraz za l półrocze 2002 r. od dochodów z tytułu udziału w spółce cywilnej z siedzibą w K., która na mocy decyzji wydanej przez Pełnomocnika Rządu do Spraw Osób Niepełnosprawnych w dniu 23 czerwca 1999 r. uzyskała status pracy chronionej dla prowadzonego przez siebie przedsiębiorstwa o nazwie P. na okres od dnia 30 czerwca 1999 r. do dnia 30 czerwca 2002 r. Na status ten składały się prawa i obowiązki określone przez przepisy prawa, w tym prawo do zwolnienia dochodów ze wspólnej działalności gospodarczej od podatku dochodowego od osób fizycznych - art. 31 ust. 1 pkt 1 w związku z ust. 2 ustawy z dnia 27 sierpnia 1998 o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz o zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. Nr 123, poz. 776 ze zm.; powoływanej dalej jako "ustawa o rehabilitacji zawodowej"). Przepisy te zostały uchylone przez art. 2 pkt 2 w związku z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz. 1101; dalej powoływana jako "ustawa zmieniająca"). Jednakże w wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r., K 45/01 (Dz. U. z dnia 5 lipca 2002 r. Nr 100, poz. 926), Trybunał Konstytucyjny orzekł, że przepis uchylający w zakresie, w jakim pozbawia przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej przed upływem trzyletniego okresu przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy o rehabilitacji zawodowej, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., uprawnień określonych w art. 31 ust. 1 pkt 1 w związku z ust. 2 tegoż artykułu powołanej wyżej ustawy, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (Dz. U. Nr 78, poz. 483 ze zm.; dalej w skrócie jako "Konstytucja RP"), w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych, niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakład pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów - rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach.