Zgodnie z art. 157 § 2 k.p.a., postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu. Przesłanki stwierdzenia nieważności decyzji zostały określone w art. 156 § 1 k.p.a.
Jak wynika z akt sprawy, roboty budowlane, których wstrzymanie nakazał W. P. [...]WKZ były przeprowadzone przy budynku dawnej piekarni, która znajduje się na terenie zespołu urbanistycznego miasta [...], wpisanego do rejestru zabytków decyzją nr [...]z dnia [...]grudnia 1958 r. Budynek dawnej piekarni nie został objęty indywidualnym wpisem do rejestru zabytków, ani też inną formą ochrony, o której mowa w art. 7 u.o.z. Nie jest również zabytkiem w rozumieniu art. 3 pkt 1 tej ustawy.
Kompetencje organu konserwatorskiego pierwszej instancji do władczego wypowiadania się w kwestii dopuszczalności przeprowadzenia robót budowlanych przy tym budynku, polegających na zmianie sposobu użytkowania budynku produkcyjnego na funkcję usługową oraz zagospodarowania terenu na dz. nr [...], obręb [...], wynikają z faktu, iż obiekt ten znajduje się na terenie historycznego układu urbanistycznego, wpisanego do rejestru zabytków, którym, zgodnie z art. 3 ust. 12 ustawy o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami, jest przestrzenne założenie miejskie lub wiejskie, zawierające zespoły budowlane, pojedyncze budynki i formy zaprojektowanej zieleni, rozmieszczone w układzie historycznych podziałów własnościowych i funkcjonalnych, w tym ulic lub sieci dróg. Żadnych wątpliwości organu nie budziła też okoliczność, iż historyczny układ urbanistyczny, na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 1 lit. b cyt. ustawy, jest zabytkiem nieruchomym, który podlega ochronie i opiece, bez względu na stan zachowania. W takim przypadku ochronie konserwatorskiej podlegają nie tylko istniejące relacje przestrzenne pomiędzy zabudową i zielenią, linia zabudowy, historyczne podziały własnościowe, ale także wygląd zewnętrzny poszczególnych budynków, w tym wygląd elewacji poszczególnych budynków, tworzących dany układ.
Dla przeprowadzenia robót budowlanych przy przedmiotowej nieruchomości konieczne więc było nie tylko zgłoszenie robót do właściwego organu, zgodnie z określonymi przepisami ustawy z dnia 7 lipca 2004 r. Prawo budowlane (dalej: "Pr. bud."), ale także uzyskanie pozwolenia konserwatorskiego, stosownie do art. 36 ust. 1 pkt 11 ustawy o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami. Tym samym organ I instancji miał podstawy, aby wydać decyzję w trybie art. 43 pkt 2 u.o.z., w zakresie nakazania wstrzymania prowadzenia bez jego pozwolenia robót budowlanych przy wpisanym do rejestru zabytków układzie urbanistycznym miasta [...].
Minister podtrzymał własne stanowisko, wyrażone w zaskarżonej decyzji z dnia [...] stycznia 2012 r., że wydanie decyzji administracyjnej na podstawie art. 44 ust. 1 pkt 2 i 3 u.o.z. nie jest możliwe, gdyż określony w pkt 2 nakaz uzyskania pozwolenia konserwatorskiego odnosi się do sytuacji, w której prace były prowadzone bez decyzji udzielającej pozwolenia zaś nakaz, o którym mowa w pkt 3, dotyczy sytuacji, w których na podjęte przy zabytku działania zostało wydane pozwolenie, ale prowadzone były one w sposób niezgodny z warunkami w nim określonymi. W przedmiotowej sprawie nie ulegało wątpliwości, iż prace prowadzone były bez pozwolenia [...]WKZ, a zatem konsekwencją tego stanu rzeczy powinno być wydanie decyzji na podstawie art. 44 ust. 1 pkt 2 ustawy o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami, nakładającej obowiązek uzyskania pozwolenia wojewódzkiego konserwatora zabytków na prowadzenie robót przy zabytku. Tym samym stwierdzić należało, iż wydanie nakazu nakładającego obowiązek uzyskania pozwolenia wojewódzkiego konserwatora zabytków na prowadzenie ratowniczych badań archeologicznych, a także przeprowadzenia przez uprawnionego archeologa ratowniczych badań archeologicznych, było prawnie niedopuszczalne, czyli decyzja [...]WKZ z dnia [...]maja 2011 r., w tej części została wydana z rażącym naruszeniem art. 44 u.o.z.