Sąd I instancji dopatrzył się naruszenia art. 153 u.ś.o.z., jednak w jego ocenie naruszenie to nie mogło mieć wpływu na wynik postępowania. Zarzuty wskazywane przez skarżącą, a podnoszone w proteście dotyczyły w zasadzie rozstrzygnięcia konkursu, zatem zostały zbadane w postępowaniu odwoławczym.
W ocenie Sądu w ofercie wystąpiły inne wady, które powodowały, że powinna być ona odrzucona zgodnie z art. 149 ust. 1 pkt 2 u.ś.o.z. Zdaniem Sądu taki charakter miały nieprawdziwe informacje w rozumieniu art. 149 ust. 1 pkt 2 u.ś.o.z. dotyczące personelu. Ta wada oferty nie mogła być traktowana jako brak formalny oferty w rozumieniu art. 149 ust. 3 u.ś.o.z. Jest to jej element merytoryczny decydujący o tym czy podmiot w ogóle spełnia warunki, aby uczestniczyć w konkursie, albo czy może uzyskać dodatkowe punkty za ofertę.
Skargę kasacyjną od ww. wyroku złożyła Spółka. Wyrok zaskarżyła w całości. Wniosła o jego uchylenie i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi I instancji lub uchylenie wyroku i uwzględnienie skargi oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego według norm prawem przepisanych.
Spółka działając na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r. poz. 270 ze zm.), dalej "p.p.s.a.", zaskarżonemu wyrokowi zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy:
1) art. 106 § 3 p.p.s.a. poprzez oddalenie wniosku dowodowego dotyczącego dopuszczenia dowodu z dokumentów obejmujących wyniki kontroli przeprowadzonych w toku postępowania u pozostałych oferentów i uznanie, że te dokumenty nie były niezbędne do wyjaśnienia sprawy, w sytuacji gdy dopuszczenie tego dowodu było niezbędne dla dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, w szczególności do ustalenia, że organy NFZ nie zebrały w sposób wyczerpujący i nie rozpatrzyły materiału dowodowego, lecz wywiodły skutki prawne z okoliczności nieudowodnionych, uznając, że właściwym jest podział punktacji za jakość, w szczególności w zakresie ilości wykonywanych badań, podczas gdy spełnienie lub niespełnienie tego warunku skutkować powinno przyznaniem 5 pkt lub brakiem ich w ogóle, w ten sposób doszło do naruszenia interesu prawnego skarżącego;
2) art. 145 § 1 pkt. 1 lit. c) p.p.s.a. poprzez oddalenie skargi mimo naruszenia przez organy administracyjne art. 7 k.p.a, art. 77 § 1 k.p.a. oraz art. 80 k.p.a. w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. niedokonanie przez organy administracyjne pełnego rozważania całego zebranego w sprawie materiału dowodowego i niedopuszczenie dowodów z:
a) dokumentów kontroli przeprowadzonych w toku postępowania u pozostałych oferentów,
b) zeznań kontrolujących w jaki sposób dokonali oceny wykonania lub możliwości wykonywania badań w zakresie jakości (paragony, faktury VAT, wyniki zdjęciowe badań, wyniki badań, oświadczenia oferentów, wykonane umowy itp.) także pod kątem prawdziwości składanych oświadczeń woli i wiedzy przez pozostałych oferentów, podczas gdy informacje nieprawdziwe zawarte w innych ofertach winny skutkować ujawnieniem ich podczas kontroli i odrzuceniem wadliwych ofert, skutkiem czego jest przyjęcie, że ocena oferty złożonej przez Spółkę oraz ocena pozostałych ofert złożonych w postępowaniu konkursowym, zostały przeprowadzone w zgodzie z zasadami wynikającymi z zarządzenia nr 54/2011/DSOZ Prezesa NFZ, podczas gdy organy NFZ nie zebrały w sposób wyczerpujący materiału dowodowego w sprawie i nie rozpatrzyły go wnikliwie, lecz wywiodły skutki prawne z okoliczności nieudowodnionych, uznając, że właściwy jest podział punktacji za jakość, w szczególności w zakresie ilości wykonywanych badań, a przez to wadliwie ustalono punktację;