Z kolei, jeśli chodzi o aspekt stosowalności, strona skarżąca zarzuciła, że Urząd Patentowy RP, uznając zastrzeżenia spornego patentu za "konkretne" i "charakterystyczne", powinien był to w zaskarżonej decyzji logicznie uzasadnić, tymczasem uzasadnienie sprowadza się do stwierdzeń, że strona skarżąca nie udowodniła, że jest przeciwnie.
Strona skarżąca, uzasadniając zarzut braku nowości spornego rozwiązania w dacie zgłoszenia, stwierdziła, że zaskarżona decyzja również w tym zakresie zawiera wady wskazujące za uchybienia proceduralne, które wynikają przede wszystkim ze zignorowania oceny prawnej i wskazań zawartych w wyroku WSA w Warszawie z dnia 28 października 2011 r. sformułowanych na stronach 26-27 wyroku. Zdaniem skarżącej R., organ ponownie doszedł do odmiennych wniosków, niż Sąd we wspomnianym wyroku.
Ponadto strona skarżąca uznała, że zarzucane uchybienia przepisów postępowania są również skutkiem błędnej wykładni przepisów prawa materialnego. Według strony skarżąca, organ dokonał błędnej wykładni art. 10 i art. 11 u.o.w., która spowodowała, że organ nie dokonał koniecznych ustaleń faktycznych, od którego zależne jest zastosowanie tego prawa (por. wyrok NSA z dnia 14 grudnia 2005 r., sygn. akt FSK 2328/04).
Skarżąca R. podkreśliła ponadto, że Urząd Patentowy RP - wbrew wyraźnym wskazówkom zawartym w wyroku WSA z dnia 28 października 2011 r. - konsekwentnie zdyskwalifikował jawne stosowanie, jako przesłankę niweczącą nowość patentu. Jednocześnie strona skarżąca wskazała, że organ nie wyjaśnił w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, jak sam rozumie tę przesłankę, co utrudnia ocenę prawną. Skarżąca spółka zwróciła ponadto uwagę, że skarga z dnia [...] lipca 2011 r. zawierała obszerny wywód na temat możliwości dojścia do zastrzeżonych cech rozwiązania przez przeciętnego fachowca dysponującego próbkami gotowego wyrobu. Stanowisko to podzielił WSA w Warszawie w uzasadnieniu wspomnianego wyroku. Tymczasem, jak zauważyła strona skarżąca, Urząd Patentowy RP nie podzielił stanowiska strony skarżącej, jako wnioskodawcy, w kwestii braku nowości tego patentu, a mianowicie, że przez jawne stosowanie produktu wytworzonego sposobem według patentu [...] w wyniku jego powszechnej sprzedaży na ponad dwa miesiące przed formalnym zgłoszeniem do ochrony, sposób ten został podany do powszechnej wiadomości, skazując go tym samym na całkowitą utratę zdolności patentowej. Zdaniem strony skarżącej, organ powtórzył przy tym błędny sposób oceny przedmiotowej przesłanki, ponownie (jak w decyzji z dnia [...] marca 2011 r.) doszukując się dowodu, który ujawniałby explicite sam sposób przed datą zgłoszenia (zatem doszukując się publikacji). Według strony skarżącej, konsekwencją tego są uchybienia proceduralne wynikające z błędnej interpretacji przepisów materialnoprawnych.
Ponadto, zdaniem skarżącej R., organ błędnie ocenił zgłoszenie pracowniczego projektu wynalazczego z dnia [...] września 1996 r. oraz załącznik do wniosku 15/96 z dnia [...] listopada 1996 r. (s. 15 zaskarżonej decyzji), gdzie organ administracji uznał, że wymienione