Pismem z 29 lipca 2015 r. Prezes Agencji zawiadomił o wszczęciu z urzędu postępowania w sprawie określenia wysokości opłaty zapasowej za styczeń, luty, marzec, kwiecień oraz maj 2015 r. Po przeprowadzeniu postępowania wyjaśniającego Prezes Agencji decyzją z [...] grudnia 2015 r. określił wysokość opłaty zapasowej za styczeń, luty, marzec oraz kwiecień 2015 r. odpowiednio w kwocie 16 274 zł, 20 780 zł, 22 912 zł oraz 6 521 zł, a także umorzył postępowanie w sprawie określenia wysokości opłaty zapasowej za maj 2015 r. jako bezprzedmiotowe.
Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, Spółka pismem z 11 stycznia 2016 r. złożyła w ustawowym terminie odwołanie, w którym wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji i umorzenie postępowania albo uchylenie zaskarżonej decyzji i przekazanie sprawy organowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania.
Przywołaną na wstępie decyzją z [...] marca 2016 r. Minister Energii utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu organ przedstawił zasady regulujące tworzenie zapasów ropy naftowej i produktów naftowych. Minister Energii stwierdził, że rozporządzenie Ministra Gospodarki z dnia 8 grudnia 2014 r. w sprawie szczegółowego wykazu surowców oraz produktów naftowych objętych systemem zapasów interwencyjnych oraz wykazu paliw stanowiących podstawę do wyliczenia opłaty zapasowej, w zakresie odnoszącym się do zapasów obowiązkowych paliw (Dz. U. z 2014 r., poz. 1806), dalej: "rozporządzenie w sprawie wykazu", wymienia olej napędowy o kodzie [...] zarówno wśród surowców oraz produktów naftowych uwzględnianych podczas ustalania ilości zapasów interwencyjnych, jak i wśród surowców oraz produktów naftowych, w których tworzy się zapasy interwencyjne, ale przede wszystkim wymienia ten produkt wśród paliw stanowiących podstawę do wyliczenia opłaty zapasowej.
Jednocześnie organ wyjaśnił, że stosownie do obowiązujących przepisów z przywozem ani produkcją produktu o kodzie [...] nie można powiązać żadnych obowiązków określonych w ustawie o zapasach, w związku z czym z jego wywozem ustawa nie łączy żadnych uprawnień dla przedsiębiorców, a produkt o kodzie [...] nie jest wymieniony wśród paliw stanowiących podstawę wyliczenia opłaty zapasowej, gdyż instytucja ta obejmuje jedynie paliwa. Minister Energii wywiódł, że ustawa o zapasach w art. 5 ust. 6 pkt 1 dopuszcza jedynie pomniejszenie wskazanej podstawy o "ropę naftową lub paliwa wywiezione z terytorium Rzeczypospolitej Polskiej" i żaden jej przepis nie przewiduje uprawnienia do rozliczania składnika zawartego w wywiezionym produkcie gotowym o odmiennych właściwościach fizyko-chemicznych niż ropa naftowa lub paliwa, przy czym brak jest możliwości wyinterpretowania takiego uprawnienia w drodze wykładni celowościowej, gdyż nie ma ona prymatu nad wykładnią językową. Zdaniem organu wyniki wykładni językowej definicji legalnych pojęć "paliwa", "oleje napędowe" i "smary" wskazują, że olej napędowy, tj. produkt naftowy będący paliwem, należy traktować odrębnie niż preparat smarowy, który przy jego udziale wyprodukowano i który nie jest już ani paliwem ani ropą naftową. Preparat ten nie jest olejem napędowym (paliwem) użytym do produkcji z uwagi na odmienne właściwości fizykochemiczne i potencjalne wykorzystanie, które są podstawowym kryterium klasyfikowania produktów naftowych. Minister Energii podkreślił, że regulacje przewidziane w art. 5 ust. 6 ustawy o zapasach to wyjątek od zasady przewidzianej w art. 21b ust. 2 i nie mogą być interpretowane rozszerzająco.