[...] czerwca 2012 r., do [...] Oddziału Wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia wpłynęło odwołanie od rozstrzygnięcia postępowania, złożone przez Spółkę. Dyrektor [...]OW NFZ decyzją z [...] lipca 2012 r. nr [...], wydaną na podstawie art. 104 § 1 K.p.a., w związku z art. 142 ust. 5 pkt 1, art. 154 ust. 2 i ust. 3 ustawy o świadczeniach, w całości oddalił odwołanie Spółki.
Pismem z [...] lipca 2012 r. Spółka wniosła odwołanie od powyższej decyzji dyrektora [...]OW NFZ. Zaskarżoną decyzją z [...] grudnia 2012 r. Prezes NFZ utrzymał w mocy decyzję I instancji wyjaśniając, że Spółka uzyskała niższą łączną ocenę punktową o czym zadecydowało kryterium jakości. Spółka nie udokumentowała wymogu z oferty pod pozycją 1.6.1.1., że realizuje w pracowni co najmniej 2500 badań rezonansu magnetycznego rocznie. Skutkowało to uzyskaniem przez Spółkę wartości 4.5 pkt za kryterium jakości. Zapis ten współgrał z zapisem l.p. 4 tabeli 1.13.2. załącznika nr 1 do zarządzenia 54/2011/DSOZ Prezesa NFZ z 30 września 2011 r. w sprawie określenia kryteriów oceny ofert w postępowaniu w sprawie zawarcia umowy o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej, który w kryterium jakość jako czynnik dodatkowo oceniany wskazuje - liczba badań rezonansu magnetycznego wykonywanych rocznie w pracowni - min. 2500. Organ przyjął do oceny okres roku poprzedzający datę, do której można było najpóźniej składać oferty w kontrolowanym postępowaniu konkursowym.
Pismem z [...] stycznia 2013 r. Skarżący wniósł do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na decyzję Prezesa NFZ z [...] grudnia 2012 r. nr [...], wnosząc o jej uchylenie w całości. Zaskarżonej decyzji Skarżący zarzucił naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy oraz prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy tj.:
1) art. 7, art. 8, art. 9, art. 10 § 1, art. 15, art. 77 § 1 i § 4 oraz art. 107 § 1 i § 3 K.p.a., poprzez:
a) niewłaściwe zastosowanie i brak wyjaśnienia dokładnie stanu faktycznego z uwzględnieniem interesu społecznego i słusznego interesu obywateli, w ten sposób, że Prezes NFZ, wskazując na prawidłowość przeprowadzonego postępowania nie odniósł się do kwestii punktacji ofert, podczas gdy Skarżący nie zna uzasadnienia przyjętej oceny punktowej w zakresie kryterium jakości, która to punktacja była przesądzająca dla wyboru oferty innego oferent (Skarżący uzyskał o 20 punktów mniej w zakresie kryterium jakości niż pozostali oferenci), co uniemożliwiało polemikę z przedstawioną przez Prezesa NFZ argumentacją;
b) przyjęcie preferencji oceny punktowej w kryterium jakości dla oferenta "realizującego umowę w dniu złożenia oferty w oparciu o kontrakt z Narodowym Funduszem Zdrowia", (gdyż tylko taki oferent, ze względu na kosztochłonny charakter badań rezonansu magnetycznego mógł wykonać w roku poprzedzającym dzień złożenia oferty 2500 badań - przyp. Skarżącego), opierając się jedynie na twierdzeniach Dyrektora [...]OW NFZ bez dokładnej i wnikliwej oceny materiału dowodowego w tym zakresie;