Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA - Jarosław Stopczyński, Sędzia WSA - Barbara Mleczko - Jabłońska, Sędzia WSA - Cezary Kosterna (spr.), , Protokolant sekretarz sądowy - Marcin Woźniak, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 20 kwietnia 2011 r. sprawy ze skargi A. Sp. z o.o. w G. na rozstrzygnięcie Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia ... marca 2011 r. nr ... w przedmiocie oceny wniosku o dofinansowanie realizacji projektu 1. stwierdza, że ocena projektu została dokonana w sposób naruszający prawo i przekazuje sprawę do ponownego rozpatrzenia Ministrowi Gospodarki jako instytucji pośredniczącej; 2. zasądza od Ministra Rozwoju Regionalnego na rzecz A. Sp. z o.o. w G. kwotę ... zł (... złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
1.1. A. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w Gdańsku (dalej: skarżąca lub spółka) złożyła w Ministerstwie Gospodarki (dalej: MG) jako instytucji pośredniczącej wniosek o dofinansowanie realizowanego w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007-2013 (PO IiŚ) projektu "...".
1.2. Pismem z ... września 2010 MG poinformowało skarżącą o odrzuceniu jej wniosku na etapie oceny merytorycznej II stopnia z powodu nie spełnienia między innymi kryterium nr 1 - Kompletność dokumentacji aplikacyjnej oraz Kryterium nr 7 - zgodność projektu z wymaganiami prawa dotyczącego ochrony środowiska.
W uzasadnieniu informacji o negatywnym wyniku oceny merytorycznej II stopnia uzupełnionej następnie informacją o negatywnym rozpatrzeniu protestu MG wskazało w szczególności, że niespełnienie Kryterium nr 1 spowodowane było niedołączeniem do wniosku o dofinansowanie deklaracji organu odpowiedzialnego za monitorowanie obszarów Natura 2000 o braku wpływu przedsięwzięcia na obszar Natura 2000. MG powołało się na pismo Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w P. wskazujące, że inwestycja jest planowana w bezpośrednim sąsiedztwie miejsc żerowania nietoperzy, w tym nocka dużego, będącego przedmiotem ochrony obszaru mającego znaczenie dla Wspólnoty, co wymaga przeprowadzenia oceny oddziaływania na obszar Natura 2000, a zatem wydanie deklaracji przez Dyrektora Ochrony Środowiska nie było możliwe. W odniesieniu zaś do oceny kryterium nr 7 MG uznało, że nie spełnienie tego kryterium było spowodowane brakiem wymaganej oceny oddziaływania przedsięwzięcia na obszary Natura 2000 (wyznaczone lub potencjalne) włączając wpływ na integralność danych obszarów oraz spójność całej sieci.
1.3. Skarżąca pismem z 3 stycznia 2011 r. wniosła protest do MG, który to protest został rozpatrzony negatywnie, chociaż co do części zarzutów protestu, MG uznało je za zasadne. Podtrzymane zostały zasadnicze zarzuty dotyczące kryteriów nr 1 i 7.
4. Pismem z 14 stycznia 2011 spółka wniosła odwołanie do instytucji zarządzającej - Ministra Rozwoju Regionalnego (dalej: MRR). W odniesieniu do oceny kryterium merytorycznego nr 1 wskazała, że nie mogła przedstawić deklaracji organu odpowiedzialnego za monitorowanie obszarów natura 2000 - Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w P. (dalej: RDOŚ), gdyż organ ten odmówił wydanie deklaracji ze względu na to, że w przedmiotowej sprawie zachodziła konieczność przeprowadzenia w trakcie oceny oddziaływania na środowisko także oceny oddziaływania przedsięwzięcia na obszar Natura 2000. Zatem odmowa wydania zaświadczenia wynikała jedynie z braku obowiązku jego wydania, nie zaś z nieprawidłowego przeprowadzenia procedury oceny oddziaływania na środowisko. W odniesieniu do oceny kryterium nr 7 skarżąca podniosła, że w piśmie RDOŚ nie wskazano, aby ocena oddziaływania inwestycji planowanej była dotknięta jakimikolwiek uchybieniami. Wszelkie kwestie związane z postępowaniem w zakresie oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko zostały zbadane przez Burmistrza ... w czasie prowadzonego przez ten organ postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko. Według skarżącej Starosta ... działając zgodnie z art. 156 ustawy z 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie (Dz. U. z 2008 r. Nr 199 poz. 1227 ze zmianami - dalej: ustawa) dokonał stosownych uzgodnień oraz uzyskał wymagane opinie od Starosty Powiatu ..., który przez okres przejściowy (od 15 listopada 2008 r. do 15 listopada 2009 r. - to jest roku od dnia wejścia w życie ustawy o.o. wykonywał zadania regionalnej dyrekcji ochrony środowisk, co do potrzeby przeprowadzenia oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko, a w przypadku jej stwierdzenia, co do zakresu raportu o oddziaływaniu przedsięwzięć na środowisko oraz uzgadniania warunków przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko.