Komisja Orzekająca podzieliła pogląd, iż część zakupów, dla prawidłowego zorganizowania [...] należało poczynić wcześniej z własnych środków, tym bardziej, iż przekazano dotację dopiero na dzień przed [...]. Również rachunki wystawione po dniu odbycia się [...], np. [...] są uzasadnione i zasługują na uwzględnienie. W rozliczeniu dotacji Komisja nie uwzględniła natomiast niektórych rachunków i faktur, ponieważ dotyczyły zakupu usług.
W przypadku dotacji w kwocie [...] zł na zorganizowanie [...] Komisja uznała, że na podstawie faktury nie można bezspornie stwierdzić, że [...] zorganizowało [...] niż przewidywała umowa. Za podstawę do oceny jej wykorzystania przyjęto, iż kwota dotacji w wysokości [...] zł miała być przeznaczona na zorganizowanie [...]. W związku z tym koszt dotacji na [...] wynosił [...] zł. Na podstawie [...] ustalono, iż [...], tak więc należna dotacja na sfinansowanie [...] powinna wynieść [...] zł. Pozostała kwota dotacji w wysokości [...] zł (jako wykorzystana niezgodnie z przeznaczeniem i jako nienależna) winna być zwrócona dotującemu.
Obwiniony w odwołaniu złożonym do Głównej Komisji Odwoławczej (GKO) wniósł o uchylenie zaskarżonego orzeczenia i umorzenie postępowania. W przypadku nieuwzględnienia tego żądania wniósł o uchylenie orzeczenia i uniewinnienie, stwierdzenie winy B., wstrzymanie wykonania orzeczenia i naliczania odsetek, powołanie wskazanych świadków, przydzielenie obrońcy z urzędu oraz dopuszczenie możliwości składania wyjaśnień i umożliwienie składania wniosków dowodowych w trakcie postępowania. Obwiniony podniósł również, że w toku postępowania naruszono m.in. zasady ogólne kodeksu postępowania administracyjnego oraz zasady współżycia społecznego. Według niego sprawa powinna być rozpatrywana na podstawie przepisów ustawy z dnia 26 listopada 1998 r. o finansach publicznych. Ponadto zdaniem odwołującego się postawione zarzuty stanowią próbę przerzucenia odpowiedzialności za nieprawidłowości w funkcjonowaniu organów samorządu terytorialnego na osoby spoza sektora finansów publicznych.
GKO orzeczeniem z dnia [...] września 2006 r.:
1. Uchyliła orzeczenie Komisji Orzekającej I instancji w zaskarżonej części i uniewinniła A. F. od przypisanych mu czynów.
2. Orzekła, iż koszty postępowania w sprawie ponosi Skarb Państwa.
W uzasadnieniu orzeczenia wskazała, iż przy rozpatrywaniu i rozstrzyganiu przedmiotowej sprawy należało stosować w sprawie przepisy ustawy o odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych oraz ustawy z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach publicznych. Przedmiotowe ustawy, obowiązujące w czasie orzekania w drugiej instancji, nie zmieniły w istotny sposób regulacji dotyczących katalogu osób odpowiadających za naruszenie dyscypliny finansów publicznych, jak również sposobu zdefiniowania i ujęcia środków publicznych, a także uregulowań w zakresie dotacji. Nie sposób więc uznać, że poprzednio obowiązujące przepisy były względniejsze dla sprawcy.
GKO stwierdziła, że analiza całokształtu materiału dowodowego zebranego w przedmiotowej sprawie wskazuje, że Komisja Orzekająca I instancji uznała, że A. F. podlega odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych jako osoba gospodarująca środkami publicznymi przekazanymi jednostkom niezaliczanym do sektora finansów publicznych. Zarówno w orzecznictwie jak i w doktrynie zarysowały się dwa przeciwstawne stanowiska. Według pierwszego z nich, wymienione wyżej podmioty podlegają odpowiedzialności za naruszenie dyscypliny finansów publicznych, o ile gospodarują środkami przekazanymi im przez jednostki sektora finansów publicznych (środkami publicznymi); według drugiego stanowiska - wymienionym podmiotom nie można przypisać tej odpowiedzialności, gdyż co do zasady nie mogą one gospodarować środkami publicznymi, ponieważ środki publiczne tracą swój publiczny charakter w momencie przekazania ich poza sektor finansów publicznych.