Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA - Piotr Kraczowski (spr.), Sędzia WSA - Dorota Mydłowska, Sędzia NSA - Piotr Piszczek, Protokolant - st. sekr. sąd. Marcin Kwiatkowski, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 17 stycznia 2012r. sprawy ze skargi Instytutu [...] na decyzję Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia [...] marca 2007 r. nr [...] w przedmiocie przyznania dotacji z budżetu państwa; 1. uchyla zaskarżoną decyzję; 2. zasądza od Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego na rzecz Instytutu [...] kwotę 7217 (siedem tysięcy dwieście siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Instytut Reumatologii im. [...] (dalej zwany: Instytut) 30 czerwca 2006 r. złożył do Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego wniosek o dofinansowanie działalności statutowej na rok 2007 w wysokości 5.468.900 zł.
Decyzją z [...] stycznia 2007 r. Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego, na podstawie art. 3 ust. 3 i art. 8 ust. 1 pkt 1 ustawy z 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki (Dz. U. Nr 238, poz. 2390 ze zm., dalej: u.z.f.n.) oraz art. 104 ustawy z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071 ze zm., dalej k.p.a.), przyznał dotację podmiotową w wysokości 1.964.000 zł na finansowanie podstawowej działalności statutowej jednostki w 2007 r.
Instytut złożył wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy z prośbą o zwiększenie przyznanej dotacji podmiotowej do wysokości poniesionych kosztów w 2006 r.
Decyzją z [...] marca 2007 r. Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego utrzymał zaskarżoną decyzję w mocy.
W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji Minister wyjaśnił, iż w wyniku przeprowadzonego postępowania odwoławczego nie stwierdzono uchybień w zakresie zgodności procedury przyznania dotacji podmiotowej z przepisami u.z.f.n. Wysokość dotacji podmiotowej została ustalona według pozytywnie zaopiniowanych w dniu 4 stycznia 2007 r. przez Komitet Polityki Naukowej i Naukowo-Technicznej "Wytycznych do określenia dotacji statutowej na rok 2007" oraz po zasięgnięciu opinii obu komisji Rady Nauki.
W skardze na powyższą decyzję Instytut wniósł m.in. o uchylenie zaskarżonej decyzji w części nieuwzględniającej wniosku skarżącego o przyznanie dotacji podmiotowej na rok 2007 w wysokości kosztów poniesionych w 2006 r. Skarżący zarzucił wydanie decyzji z naruszeniem art. 107 k.p.a., bowiem w jej uzasadnieniu brak jest jakiejkolwiek wzmianki na temat realizacji ustawowego obowiązku konsultacji wniosku z Zespołem Odwoławczym, jak też ewentualnych wniosków Zespołu Odwoławczego z przeprowadzonej oceny. Podniósł ponadto, iż przyznanie Instytutowi dotacji podmiotowej na rok 2007 w kwocie 1.964.000 zł stanowi naruszenie art. 3 ust. 3 u.z.f.n. Dotacja podmiotowa przyznana Instytutowi w 2006 r. wynosiła 2.658.500 zł. Stosując zatem zasady zawarte w "Wytycznych dla określenia dotacji statutowej na rok 2007", dotacja dla Instytutu winna być obliczona jako dotacja w wysokości 75% dotacji bazowej 2006 r., co daje kwotę 1.993.875 zł. Instytut zarzucił również naruszenie art. 10 § 1 k.p.a. poprzez uniemożliwienie wypowiedzenia się na temat dowodów i materiałów zebranych w postępowaniu odwoławczym.
Postanowieniem z 23 października 2008 r., sygn. akt V SA/Wa 1847/07, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie odrzucił skargę Instytutu, z uwagi na jej niedopuszczalność, bowiem decyzje organów administracji nie odnoszą się do wniosku skarżącego o dofinansowanie działalności statutowej w 2007 r. w części dotyczącej jego nieuwzględnienia. Skarga Instytutu nie dotyczy bowiem decyzji przyznającej dotację lecz decyzji "w części nieuwzględniającej wniosku skarżącego o przyznanie dotacji podmiotowej na rok 2007 r. w wysokości kosztów poniesionych w 2006 r.", a więc nieistniejącej decyzji. Sąd wskazał także, że strona po wydaniu decyzji z [...] stycznia 2007 r. nie wniosła o jej uzupełnienie na podstawie art. 111 § 1 k.p.a., w związku z tym nie doprowadziła do wydania negatywnego rozstrzygnięcia przez organ.