Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA - Arkadiusz Tomczak, Sędzia WSA - Marek Krawczak (spr.), Sędzia WSA - Jarosław Stopczyński, Protokolant st. specjalista - Monika Włochińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 29 maja 2018 r. sprawy ze skargi Województwa [...] - [...] Zarządu Melioracji i Urządzeń Wodnych w [...] na decyzję Ministra Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej z dnia [...] sierpnia 2017 r. nr [...] w przedmiocie zobowiązania do zwrotu kwoty dofinansowania 1. uchyla zaskarżoną decyzję; 2. zasądza od Ministra Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej na rzecz Województwa [...] - [...] Zarządu Melioracji i Urządzeń Wodnych w [...] kwotę 35.432 zł (trzydzieści pięć tysięcy czterysta trzydzieści dwa złote) tytułem zwrotu kosztów postępowania.
W dniu 16 kwietnia 2010 r. Województwo [...] - Zarząd Melioracji i Urządzeń Wodnych w S. (dalej: "Skarżący", "Strona") złożył wniosek o dofinansowanie zadania pt. "[...]". Celem inwestycji było umożliwienie migracji ryb dwuśrodowiskowych, o charakterze swobodnego przepływu wód uwzględniające wspólny interes użytkowników wód.
W dniu [...] września 2010 r została podpisana pomiędzy Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (dalej: "ARiMR", "Agencja" lub "organ l instancji") a Województwem [...] Zarządem Melioracji i Urządzeń Wodnych w S. (zwanym dalej "ZZMiUW w S." lub "Beneficjent"), umowa o dofinansowanie Nr [...], na mocy której ARiMR zobowiązała się do udzielenia pomocy finansowej w ramach środka "Ochrona i rozwój fauny i flory wodnej" objętego osią priorytetową 3 - "Środki służące wspólnemu interesowi" zawartą w Programie Operacyjnym "Zrównoważony rozwój sektora rybołówstwa i nadbrzeżnych obszarów rybackich 2007-2013" w wysokości 9 327 265,00 zł (dalej: "umowa o dofinansowanie").
Zgodnie z postanowieniami umowy o dofinansowanie, Beneficjent zobowiązał się wybudować zgodnie z zatwierdzonymi projektami budowlanymi 6 przepławek na rzece [...] w województwie [...], zgodnie z zakresem rzeczowym i finansowym określonym w zestawieniu rzeczowo-finansowym operacji, stanowiącym załącznik nr 1 do ww. Umowy Beneficjent wybierając wykonawcę przepławek był zobowiązany do stosowania przepisów ustawy PZP, ponieważ jest jednostką budżetową, o której mowa w art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych (Dz. U. z 2007 r. Nr 223, poz. 1655, z póżn. zm., dalej: "p.z.p."). W § 6 umowy o dofinansowanie ustalono, że naruszenie przepisów Ustawy Prawo zamówień publicznych, mające wpływ na wynik któregokolwiek z postępowań, skutkować będzie zmniejszeniem kosztów kwalifikowanych o kwotę kosztów kwalifikowanych wynikających z zakwestionowanego postępowania.
Procedurę o udzielenie zamówienia publicznego wszczęto ogłoszeniem w dniu 12 października 2012 r. Zawiadomienie o wyborze najkorzystniejszej oferty zostało wysłane do wykonawców 8 listopada 2012 r. Zamawiający w treści SIWZ wskazał, że oczekuje wykonania prac w dwóch etapach. W zakres I etapu, przedmiotem zamówienia było wykonanie prac projektowych: projektu budowlanego, operatu wodnoprawnego z instrukcją gospodarowania wodą, przedmiaru robót i kosztorysu nakładczego, kosztorysu inwestorskiego, raportu oddziaływania inwestycji na środowisko, inwentaryzacji zieleni, inwentaryzacji obiektów zagospodarowania terenów, dokumentacji powykonawczej i specyfikacji technicznej wykonania i odbioru robót budowlanych. Etap II dotyczy robót budowlanych. Zgodnie ze SIWZ oraz wzorem umowy, Wykonawca zobowiązany był do: uzyskania decyzji administracyjnej wraz uzyskaniem pozwolenia na budowę, wykonania robót przygotowawczych i odwodnieniowych, robót rozbiórkowych, robót konstrukcyjnych, robót umocnieniowych, robót wykończeniowych oraz do zakupienia i zamontowania urządzeń do monitoringu.