Istnienia nadpłaty powstałej w wyniku wadliwego zadeklarowania zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług nie można stwierdzić tak długo, jak długo sam podatnik nie skoryguje swego zeznania podatkowego lub nie dokona tego za niego właściwy organ w drodze decyzji administracyjnej, o jakiej mowa w art. 10 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Przepis art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ nie stanowi samodzielnej materialnoprawnej podstawy do wydania decyzji administracyjnej o zwrocie nadpłaconego podatku albo do dokonania tego zwrotu w drodze czynności materialno-technicznej w sytuacji gdy wysokość zobowiązania wynika z wiążącej deklaracji podatkowej. Samo wystąpienie podatnika do urzędu skarbowego z żądaniem zwrotu zadeklarowanego przez siebie i uiszczonego podatku z powołaniem się na błędne sporządzenie deklaracji i zawyżenie przez to podatku, bez uprzedniego dokonania korekty deklaracji w podatku od towarów i usług, nie stwarza jeszcze podstawy do uznania nadpłaty i jej zwrotu, stanowi natomiast - w razie uznania żądania za uzasadnione - postawę do wszczęcia przez organ podatkowy postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego innej od zadeklarowanej i ewentualnego wydania decyzji w tej kwestii.
Pismem z 28.11.1997 r. spółka cywilna "G.B.K." z siedzibą w P. wystąpiła do Urzędu Skarbowego w B. z żądaniem naliczenia i wypłaty odsetek w łącznej wysokości 164.341,93 zł od nadpłat w podatku od towarów i usług powstałych w latach 1995, 1996 i 1997, zwróconych spółce odpowiednio w dniach 14.07., 28.07. i 26.10.1997 r.
Decyzją z dnia 17.12.1997 r., wydaną na podstawie art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./, Urząd Skarbowy w B. odmówił spółce cywilnej "G.B.K." - w składzie Jan J. i Aleksander Z. zapłaty odsetek od nadpłaty wynikającej z tytułu złożenia deklaracji korygujących w podatku od towarów i usług za lata 1996 i 1997 oraz z wyniku kontroli sporządzonego przez inspektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. za rok 1995.
Z uzasadnienia tej decyzji wynika, że ww. spółka cywilna, korzystająca wcześniej ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 14 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, złożyła w dniu 2.01.1995 r. w Urzędzie Skarbowym w B. pisemne oświadczenie o rezygnacji z tego zwolnienia, składając następnie zgłoszenie rejestracyjne podatnika podatku od towarów i usług.
Pierwsze deklaracje podatkowe dla podatku od towarów i usług /VAT-7/ za miesiące od stycznia do marca 1995 r. spółka złożyła w dniu 6.05.1995 r., dokonując w dniu 21.04.1995 r. wpłaty zadeklarowanej kwoty podatku przelewem bankowym.
W następstwie kontroli przeprowadzonej przez pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w K. zakończonej wynikiem kontroli z 16.05.1997 r., ustalone zostało, że za miesiące od stycznia do września 1995 r., oraz za listopad i grudzień 1995 r. prawidłowo ustalony podatek - należny od spółki wynosił "0", zaś za miesiąc październik 1995 r. kwotę 729 zł, bowiem działalność spółki była w tym okresie przedmiotowo zwolniona od podatku od towarów i usług i spółka nie była zobowiązana do ustalania tego podatku. Powstała z tego tytułu nadpłata wyniosła 88.369,13 zł i za zgodą wspólników spółki zaliczona została na ich zobowiązania z tytułu podatku dochodowego od osób fizycznych, o czym wspólników zawiadomiono 14.07.1997 r.
W dniach 11 i 17 lipca 1997 r. spółka cywilna, w ww. składzie złożyła w Urzędzie Skarbowym w B. deklaracje korygujące VAT-7 za okres od stycznia do grudnia 1996 r. Wynikająca z tych korekt nadpłata podatku VAT za 1996 r., w łącznej kwocie 135.985,91 zł, została w dniu 28.07.1997 r. zaliczona w części /52.577,28 zł/ na pokrycie zaległości właścicieli spółki w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1996 r., a w części /83.408,63 zł/ zwrócona na rachunek bankowy spółki.