W ustawie Ordynacja podatkowa /jak i we wcześniejszej ustawie o zobowiązaniach podatkowych/ nie ma przepisu, który stanowiłby podstawę do żądania od organu podatkowego odsetek za opóźniony zwrot nienależnie zapłaconej przez podatnika kwoty odsetek za zwłokę w zapłacie podatku. W sprawach podatkowych nie stosuje się bowiem przepisów kodeksu cywilnego, który przewiduje taką możliwość w odniesieniu do stosunków cywilnoprawnych.
Pismem z dnia 7 października 1998 r. Spółka z o.o. "R." w Sz. zwróciła się do Pierwszego Urzędu Skarbowego w Sz. o wypłatę odsetek za zwłokę w kwocie 23.818,80 zł naliczonych od kwoty 48.036,80 zł, którą spółka wpłaciła w 1997 r. wykonując decyzję tego urzędu z dnia 30 maja 1997 r. (...) jako odsetki od zaległości podatkowej. Naczelny Sąd Administracyjny w Szczecinie wyrokiem z dnia 8 lipca 1998 r. (...) uchylił powyższą decyzję Pierwszego Urzędu Skarbowego w Sz., w związku z czym spółce zwrócono wpłaconą zaległość podatkową z odsetkami, zaś kwotę odsetek, tj. 48.036,80 zł zwrócono w wysokości zapłaconej bez oprocentowania tej kwoty. Zdaniem spółki cała wpłacona przez nią kwota, tj. 76.747,40 zł powinna być zwrócona z odsetkami, także kwota 48.036,80 zł stanowiąca odsetki od zaległości podatkowej, wpłacona łącznie podatkiem, a nie tylko kwota samego podatku.
Po rozpatrzeniu wniosku, Pierwszy Urząd Skarbowy w Sz. decyzją z dnia 26 października 1998 r. (...) odmówił spółce "R." wypłaty żądanej kwoty 23.818,00 zł z tytułu oprocentowania zwróconych jej odsetek za zwłokę. Zdaniem organu podatkowego zapłacone przez spółkę odsetki za zwłokę w kwocie 48.036,80 zł od zaległości z tytułu podatku dochodowego od dochodów z dywidend oraz innych przychodów z udziału w zyskach osób prawnych za 1994 r., wynoszącej 28.710,60 zł, nie stanowią nadpłaty w rozumieniu art. 72 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, dlatego nie podlegają oprocentowaniu, o którym mowa w art. 77 par. 1 Ordynacji podatkowej.
Odsetki za zwłokę, pomimo integralnego związku z podatkiem, same nie są podatkiem, o którym mowa w art. 6 Ordynacji podatkowej, dlatego w związku z wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 lipca 1998 r. zostały spółce zwrócone w kwocie faktycznie zapłaconej, tj. 48.036,80 zł.
Spółka z o.o. "R.", nie zgadzając się z takim rozstrzygnięciem wniosła odwołanie, zarzucając decyzji organu I instancji naruszenie przepisów art. 2 par. 1 pkt 1, art. 3 pkt 3 lit. "c", art. 6 w związku z art. 72 par. 1 i art. 77 par. 1 Ordynacji podatkowej, poprzez błędną ich wykładnię. W związku z tym wniosła o uchylenie decyzji w całości i orzeczenie obowiązku zapłaty dochodzonej kwoty 23.818,80 zł. Zdaniem spółki odsetki za zwłokę należą do kategorii nieopodatkowych należności budżetowych, do których mają zastosowanie przepisy ustawy - Ordynacja podatkowa. Odmowa naliczenia przez organ podatkowy I instancji odsetek od tej kwoty, określonej decyzją ostateczną tego organu, uchyloną następnie wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego narusza wskazane przepisy i prowadzi do bezpodstawnego wzbogacenia Skarbu Państwa w rozumieniu art. 405 i art. 406 kodeksu cywilnego. Skoro odsetki za zwłokę, stosownie do wymogów określonych w art. 55 Ordynacji podatkowej, należy uiścić bez wezwania organu podatkowego, łącznie z zapłatą zaległości podatkowej, to po upływie określonego w ustawie terminu płatności zobowiązanie podatkowe wraz z odsetkami staje się należnością Skarbu Państwa. Zatem w przypadku uchylenia decyzji, nadpłatą jest łączna kwota niesłusznie uiszczonego zobowiązania, od której przysługuje oprocentowanie w wysokości odsetek pobieranych od zaległości podatkowych. Spółka powołała się na art. 75 par. 1 Ordynacji podatkowej jako podstawę prawną dla prawidłowej wykładni nadpłaty.