W sformułowaniach - art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ - "zorganizowanej" i "stanowiącej wyodrębniony organizacyjnie zakład /oddział/" zawarte jest wymaganie, aby będąca przedmiotem sprzedaży część przedsiębiorstwa była u sprzedawcy zorganizowana i stanowiła wyodrębniony organizacyjnie zakład /oddział/.
Urząd Skarbowy w S. w dniu 16 czerwca 1997 r. wydał decyzję, w której powołując się na przepisy:
- art. 5 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./,
- art. 2, art. 3 ust. 1 pkt 1, art. 4 pkt 1, art. 5 ust. 1, art. 6, art. 7, art. 10, art. 13, art. 15, art. 18, art. 19 ust. 1-3a, art. 26, art. 27 ust. 4, 5, art. 32 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ określił i ustalił Zakładom SA w S. zobowiązanie podatkowe za miesiąc styczeń 1997 r.
- w podatku od towarów i usług w kwocie 104.157 zł oraz
- dodatkowe zobowiązanie w tym podatku w kwocie 2.734 zł /sankcyjne/.
Podstawą faktyczną rozstrzygnięcia było ustalenie w wyniku kontroli przeprowadzonej w maju 1997 r. przez pracowników Urzędu Skarbowego, że Z. SA sprzedała w styczniu 1997 r. jeden lokal użytkowy, lecz nie naliczyła i nie odprowadziła do Urzędu Skarbowego podatku należnego. Z wyjaśnień uzyskanych w toku kontroli wynikało, iż Spółka sprzedaż tego lokalu traktowała jako nie podlegającą opodatkowaniu z mocy art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy VAT tzn. jako sprzedaż "innej zorganizowanej części przedsiębiorstwa stanowiącej wyodrębniony organizacyjnie zakład /oddział/".
Urząd Skarbowy stanowiska tego nie podzielił. Jak ustalono budynek mieszkalny, w którym znajduje się ww. lokal użytkowy /podobnie jak i inne budynki mieszkalne z lokalami użytkowymi, które Spółka sukcesywnie sprzedawała od grudnia 1996 r. do marca 1997 r./ wybudowany był w latach 80-tych i od początku lokal ten był wynajmowany osobom trzecim z przeznaczeniem na prowadzenie działalności gospodarczej przez najemcę w formie zaznaczonej w umowie tj.: sklep spożywczy. Budynek ten stanowił środek trwały Z. S.A. i był wykazany w ogólnej ewidencji środków trwałych jako związany z prowadzoną działalnością gospodarczą, a przychody z jego wynajmu oraz koszty były ujmowane w ewidencji księgowej Spółki wraz z innymi przychodami i kosztami. Budynek ten jak i będący ich częścią lokal użytkowy nie stanowiły wyodrębnionej organizacyjnie części przedsiębiorstwa. Struktura organizacyjna Z. S.A. oparta jest na wyodrębnieniu czterech pionów funkcjonalnych:
1. pion Prezesa Zarządu - Dyrektora Generalnego
2. pion Członka Zarządu - Głównego Inżyniera
3. pion Członka Zarządu - Dyrektora Handlowego
4. pion Członka Zarządu - Głównego Księgowego
W ramach poszczególnych pionów funkcjonują organizacyjnie wyodrębnione działy, wydziały, zespoły, samodzielne stanowiska oraz komórki przy czym nie ma wydzielonej organizacyjnie komórki, która całościowo zajmowałaby się gospodarowaniem lokalami użytkowymi. Zadania z tym związane są rozproszone i przypisane do różnych pionów, działów i stanowisk. I tak gospodarka środkami trwałymi w tym lokali użytkowych należy do pionu Głównego Inżyniera, a konkretnie do zadań komórki Szefa utrzymania Ruchu /TM/, w której obowiązki te wykonuje specjalista mechanik ds. gospodarki środkami trwałymi i gospodarki paliwowo-smarowniczej. W pionie Dyrektora Handlowego Zespół Administracyjny /HA/ sprawuje nadzór nad gospodarką mieszkaniową i prawidłowym wykorzystaniem pomieszczeń pozaprodukcyjnych jak również zajmuje się sporządzaniem umów najmu lokali użytkowych, nadzorem nad wywiązywaniem się najemców z zapłaty czynszów, stanem technicznym środków trwałych, zgłasza potrzebę remontów do Wydziału Szefa Utrzymania Ruchu /TM/.