Za błędy należy uznać pogląd, iż wyłączenie z opłaty skarbowej dotyczy czynności podatników, które są opodatkowane podatkiem od towarów i usług oraz tylko tych czynności zwolnionych z podatku, które są wymienione w art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, czyli sprzedaży towarów i usług objętych załącznikami nr 1 i 2 do tej ustawy. Tymczasem w świetle treści art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ nie podlegają również opłacie skarbowej czynności cywilnoprawne w postaci umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 5 cyt. ustawy o VAT.
W konsekwencji oznacza to również, że wyłączona jest z opłaty skarbowej sprzedaż towarów używanych, o których jest mowa w art. 7 ust. 1 pkt 5 cytowanej wyżej ustawy, jeśli jedną ze stron tej umowy jest podatnik podatku od towarów i usług.
W następstwie zawartej w dniu 19.02.1998 r. umowy Przedsiębiorstwo Handlowo-Produkcyjne R. s.c. w P. sprzedało Spółce z o.o. "A." ciągnik siodłowy marki SKANIA 142M rok produkcji 1988 (...). W umowie strony określiły wartość przedmiotu sprzedaży na kwotę 30.000 zł. Przedmiotowa umowa została zgłoszona w Urzędzie Skarbowym w dniu 5.03.1998 r. celem opodatkowania opłatą skarbową.
W ocenie Urzędu Skarbowego podana w umowie wartość ciągnika siodłowego nie odpowiadała wartości rynkowej, dlatego na podstawie art. 10 ust. 1 pkt 1 lit. "c", ust. 2 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ wezwał on stronę zgłaszającą umowę, do podwyższenia wartości przedmiotu transakcji do kwoty 80.000 zł.
Spółka z o.o. "A." wyraziła zgodę na podwyższenie wartości ciągnika do kwoty 80.000 zł i na okoliczność tę w dniu 5.03.1998 r. został sporządzony i podpisany protokół.
W związku z powyższym Urząd Skarbowy na podstawie par. 58 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /Dz.U. nr 136 poz. 705 ze zm./ pobrał opłatę skarbową w kwocie 1.600 zł, według stawki 2 procent podstawy opodatkowania, przyjmując za podstawę wymiaru wartość przedmiotu transakcji w kwocie 80.000 zł /decyzja z dnia 5.03.1998 r./.
W odwołaniu z dnia 12.03.1998 r. Spółka z o.o. "A." wniosła o uchylenie powyższej decyzji i umorzenie postępowania z uwagi na naruszenie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej. Zdaniem Spółki przedmiotowa transakcja nie podlega opłacie skarbowej albowiem strona sprzedająca jest podatnikiem podatku VAT, zaś sprzedaż ciągnika jako towaru używanego na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług korzystała ze zwolnienia od tego podatku.
Po rozpatrzeniu odwołania Izba Skarbowa decyzją z dnia 5.06.1998 r., wydana na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, art. 1 ust. 1 pkt 2 lit. "a", art. 10 ust. 1 pkt 1 lit. "c", ust. 2 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ oraz par. 58 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /Dz.U. nr 136 poz. 705 ze zm./ utrzymała w mocy decyzję organu I instancji.
W uzasadnieniu tego rozstrzygnięcia Izba Skarbowa wyjaśniła, iż ustawa o opłacie skarbowej w art. 1 ust. 1 pkt 2 wymienia czynności cywilnoprawne /w tym umowy sprzedaży/ jako podlegające tej opłacie niezależnie od tego, czy czynność cywilnoprawna dokonywana jest przez podmiot gospodarczy w zakresie jego działalności gospodarczej, czy też poza tą działalnością. Natomiast art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej jest przepisem wyłączającym z obowiązku uiszczenia opłaty skarbowej m. innymi umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz inne tego rodzaju umowy, objęte zwolnieniami na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2, a także umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 14 tej ustawy, w zakresie czynności zwolnionych od podatku.