W uzasadnieniu decyzji, Dyrektor Urzędu Celnego w S. wskazał, że ujawniony fakt podwójnego fakturowania transakcji, stanowi nowy dowód w sprawie istniejący w dniu wydania decyzji a nie znany organowi w momencie jej podejmowania co w pełni uzasadnia wznowienie postępowania w sprawie. Wyjaśniając ujawnione podwójne fakturowanie, Spółka wskazała, że ujawnione w jej siedzibie faktury z cena wyższą, obejmowały koszty transportu na terenie kraju.
Tak wysokie koszty transportu związane są z wysokimi stawkami ubezpieczenia, przestojami długotrwałymi na granicy polsko-niemieckiej w oczekiwaniu na odprawę, pustymi przebiegami powrotnymi. Spółka nie nadesłała żadnych dokumentów, z których wynikałaby stawka za transport na odcinku krajowym w podanej wysokości. Zdaniem organu nie było powodu, dla którego, nie można było wyodrębnić na fakturze przedłożonej do odprawy celnej rzeczywistych kosztów transportu poniesionych na terenie Polski, który przecież nie dolicza się do wartości celnej towaru. Wystawianie drugiej faktury świadczy o celowym działaniu Spółki, wprowadzającym w błąd Urząd Celny dlatego, tym wyjaśnieniom Spółki organ nie dał wiary.
Mając na uwadze postanowienia zawartego przez Spółkę z eksporterem alkoholu kontraktem, uwzględniając, prawa i obowiązki stron umowy kupna - sprzedaży /art. 535 par. 1 Kc/ - podstawa zapłaty za odebrany przez Spółkę towar była faktura ustalająca cenę towaru i stanowiąca podstawę jej zapłaty czyli faktura, która stanowiła podstawę realizacji zawartej umowy, w tym zapłaty za kupiony towar.
Dlatego, tę fakturę /ujawniona w siedzibie Spółki/ Spółka miała obowiązek przedłożyć do wniosku o wszczęcie postępowania celowego i na podstawie tej faktury, uznanej za fakturę handlową, organ ustalił wartość celna towaru. Jest to zgodne z dyspozycja art. 26 ust. 1 Prawa celnego, który uznaje, za wartość celna towaru cenę zapłacona lub należna za towar celny wraz z kosztami w niej nie ujętymi a faktycznie poniesionymi przez kupującego, którymi to kosztami mogą być: koszty transportu i ubezpieczenia towaru poniesionymi do granicy państwa. Kosztów transportu towaru na odcinku krajowym organ celny nie odliczył od wartości celnej, ponieważ nie zostały wyodrębnione na fakturze dostawcy zagranicznego - wyjaśnienia do posługiwania się formularzami JDA SAD, pole 42 - załącznik Nr 4 do Zarządzenia Prezesa GUC z dnia 26 listopada 1992 r. w sprawie wniosków o wszczęcie postępowania celnego /M.P. nr 38 poz. 279 ze zm./.
W odwołaniu od powyższej decyzji do Prezesa Głównego Urzędu Ceł w W., Spółka wniosła o jej uchylenie w całości i umorzenie postępowania w sprawie. W uzasadnieniu odwołania Spółka wskazała, że stosowanie różnych faktur z zastosowaniem klauzul DAF gr. polski i CIP miejsce przeznaczenia towaru nie miało na celu wprowadzenia w błąd organów celnych. Obie faktury są prawdziwe a różni je "ujęcie" kosztów transportu i ubezpieczenia na terenie Polski, które Spółka uznała za uchybienie natury organizacyjno-ewidencyjnej. Wskazując na postanowienie kontraktu zawartego z eksporterem, specyfiką transportu alkoholu jak również odmienność warunków transportu towaru na terenie państw Unii Europejskiej i Polski, brak ładunków powrotnych, Spółka wyraziła pogląd, że to decyduje o wielkości kosztów transportu na terenie Polski a nie relacje odległości na odcinku zagranicznym i polskim.