Nie ulega zatem żadnej wątpliwości, iż na gruncie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 marca 1992 r. - w sprawie składników majątkowych uznanych za środki trwałe oraz wartości niematerialne i prawne, zasad i stawek ich amortyzacji oraz trybu i terminów aktualizacji wyceny tych środków /Dz.U. nr 30 poz. 130/ oraz - po dniu 1 stycznia 1995 r. - rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 1995 r. w sprawie amortyzacji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, a także aktualizacji wyceny środków trwałych /Dz.U. nr 7 poz. 34/ wartość początkowa budowli winna być obliczana z uwzględnieniem prawem przewidzianej aktualizacji wyceny środków trwałych czyli winna to być "wartość brutto", przyjęta w pierwotnym obliczeniu przez skarżącą Spółkę. Tym samym podzielić należy pogląd organów podatkowych, że w niniejszej sprawie brak jest podstaw do przyjęcia, że wystąpiła nadpłata.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 8 grudnia 1998 r. na rozprawie sprawy ze skargi Zakładów Tworzyw Sztucznych "G." S.A. w J. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia 5 maja 1997 r. (...) w przedmiocie odmowy zwrotu nadpłaty podatku od nieruchomości za lata 1995-1996 - skargę oddala. III RN 95/99
Decyzją z dnia 18 lutego 1997 r. (...) Burmistrz Miasta w J. - po rozpatrzeniu wniosku Zakładów Tworzyw Sztucznych "G." S.A. w J. - odmówił zwrotu nadpłaty podatku od nieruchomości za lata 1995-1996 w kwocie 931.980,10 zł. Jako podstawę prawną podano m.in. art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./. W uzasadnieniu zaś stwierdzono, że Spółka prawidłowo wyliczyła podatek od nieruchomości w zakresie podatku od budowli. Dokonana przez Trybunał Konstytucyjny - w uchwale z dnia 15 maja 1996 r. /W 2/96/ - wykładnia art. 8 i art. 11 ustawy z dnia 13 lipca 1990 r. o prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych /Dz.U. nr 51 poz. 298 ze zm./ i art. 4 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych /Dz.U. nr 9 poz. 31/ nie pozwala na zmniejszenie wartości początkowej budowli po przekształceniu przedsiębiorstwa państwowego w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa o kwotę odpisów amortyzacyjnych dokonanych przez to przedsiębiorstwo. Ponadto organ zauważył, że decydujące znaczenie ma sentencja uchwały Trybunału, a nie jej uzasadnienie.
W odwołaniu od powyższej decyzji Spółka ponownie powołała się na uzasadnienie cytowanej wyżej uchwały Trybunału Konstytucyjnego /W 2/96/, z którego - jej zdaniem - wynika, że wartość początkowa budowli stanowiąca podstawę wymiaru podatku od nieruchomości nie może uwzględniać przeszacowania wartości początkowej środków trwałych. Ani aktualizacja wyceny środków trwałych, ani odpisy amortyzacyjne nie mogą mieć wpływu na określenie wartości początkowej budowli dla celów podatku od nieruchomości. Inaczej mówiąc Spółka powinna płacić podatek od nieruchomości od wartości "historycznej" brutto budowli. Spółka deklarując nowy wymiar podatku od nieruchomości przyjęła za podstawę opodatkowania taką właśnie wartość.
Po rozpatrzeniu powyższego odwołania Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. decyzją z dnia 5 maja 1997 r. (...) utrzymało w mocy zaskarżoną decyzję. Uzasadniając odmowę zwrotu podatku od nieruchomości organ odwoławczy zauważył, że z cytowanej wyżej uchwały Trybunału jednoznacznie wynika, iż podstawą opodatkowania podatkiem od nieruchomości przekształconego przedsiębiorstwa państwowego stanowi wartość początkowa budowli określona według zasad przewidzianych w odrębnych przepisach dla celów amortyzacji, chociażby były one całkowicie zamortyzowane. Z tych przyczyn w niniejszej sprawie brak jest podstaw do zastosowania dyspozycji dotyczącej zwrotu nadpłaconego podatku.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego na powyższą decyzję Spółka wniosła o jej uchylenie wraz z decyzją organu I instancji. W uzasadnieniu skargi Spółka podniosła, iż w sentencji cytowanej uchwały Trybunał Konstytucyjny uznał jedynie, że w jednoosobowych spółkach Skarbu Państwa wartość początkowa budowli powinna być przyjęta z ksiąg przekształcanego przedsiębiorstwa państwowego bez jej pomniejszania o odpisy amortyzacyjne dokonane przez to przedsiębiorstwo, a więc winna to być wartość brutto. Sprecyzowanie pojęcia wartości brutto nastąpiło dopiero w uzasadnieniu cytowanej uchwały. Wynika z niego - zdaniem Spółki - iż winna to być wartość początkowa, nie uwzględniająca mechanizmu przeszacowania wartości nieruchomości.