Utrata prawa do zwolnienia od podatku od towarów i usług na skutek wyłączenia podatnika z opodatkowania podatkiem dochodowym w formie karty podatkowej powodowała powstanie zobowiązania w VAT z chwilą określoną w art. 5 ust. 1 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./, a więc doręczenia decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego. Wówczas termin płatności podatku winien wynosić 14 dni od dnia jej doręczenia /art. 18 ust. 1 ustawy o zobowiązaniach podatkowych/, natomiast odsetki za zwłokę mogły być naliczane dopiero po upływie tego terminu /art. 19 ust. 1 i art. 20 ustawy o zobowiązaniach podatkowych/.
W dniach od 6 do 26 czerwca 1994 r. Inspektor Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w R. przeprowadził kontrolę skarbową w firmie Elżbiety D. i w wyniku kontroli z 29 czerwca 1994 r. ustalił m.in. należny podatek dochodowy oraz podatek od towarów i usług za okres od stycznia do maja 1994 r. w kwocie 124.479.000 starych złotych, ponieważ podatniczka nie zachowała warunków do opodatkowania w formie karty podatkowej.
Elżbieta D. pismem z 9 lipca 1994 r. złożyła żądanie skierowania sprawy na drogę postępowania w sprawach zobowiązań podatkowych. Urząd Skarbowy w M. decyzją z 18 stycznia 1995 r. wyłączył podatniczkę z opodatkowania w formie karty podatkowej za 1994 r., natomiast decyzją z 22 listopada 1996 r. określił za czerwiec 1994 r. zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług w kwocie 25.218.000 starych złotych /2.521,80 zł po denominacji/. W podstawie prawnej decyzji powołano art. 5 ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ oraz art. 2, art. 5, art. 10 ust. 1, art. 14 ust. 1 pkt 1, art. 15 ust. 1 i art. 26 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia urząd skarbowy wskazał, że w okresie od 1 stycznia do 30 czerwca 1994 r. Elżbieta D. prowadziła działalność gospodarczą w zakresie usług tele- i radiomechaniki i uzyskała obrót udokumentowany rachunkami w kwocie 507.912.600 starych złotych /który podzielono na poszczególne miesiące/ oraz zgodnie z jej oświadczeniem obrót nie udokumentowany w kwocie 127.305.000 starych złotych /który podzielono na poszczególne miesiące proporcjonalnie do obrotu udokumentowanego/. Ponieważ w 1994 r. podatniczka została pozbawiona prawa do opłacania podatku dochodowego w formie karty podatkowej, a w 1993 r. osiągnęła obrót udokumentowany rachunkami w wysokości 1.977.786.000 starych złotych /opłacając podatek dochodowy także w formie karty podatkowej/, zgodnie z art. 14 ust. 1 pkt 1ustawy o VAT nie przysługiwało jej zwolnienie od podatku od towarów i usług w 1994 r., Izba Skarbowa w R. utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu decyzji opisała dotychczasowy przebieg postępowania podatkowego, zaś odnosząc się do zarzutów odwołania wyjaśniła, że w 1994 roku warunkiem uzyskania zwolnienia w trybie przepisu art. 14 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT było nieprzekroczenie obrotu w 1993 r. w wysokości 1,2 mld starych złotych. W pkt 2 tego przepisu zwolniono od podatku od towarów i usług - bez względu na wielkość uzyskanych w 1993 r. obrotów - podatników opłacających podatek dochodowy w formie karty podatkowej. Jeżeli jednak podatnik za 1994 r. został pozbawiony prawa do opodatkowania podatkiem dochodowym w formie karty podatkowej, a w 1993 r. osiągnął obrót przekraczający 1,2 mld starych złotych, to w 1994 r. nie spełniał warunków do zwolnienia podmiotowego określonego w art. 14 ust. t pkt 1 i był zobowiązany do uiszczania VAT od dnia I stycznia 1994 r. na zasadach ogólnych. Organ odwoławczy uznał, że taka sytuacja dotyczyła odwołującej się podatniczki, ponieważ utraciła ona prawo do opodatkowania podatkiem dochodowym w formie karty podatkowej za 1994 r. na podstawie decyzji urzędu skarbowego, a w 1993 r. uzyskała obrót w kwocie 1.977.786.000 starych złotych.