Umowa sprzedaży budynków i budowli nie jest objęta żadnym z wyłączeń od opłaty skarbowej przewidzianych w art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./. Pierwsze z tych wyłączeń nie ma zastosowania do umowy sprzedaży budynków i budowli jako towarów używanych, bowiem w tym przypadku sprzedaż jest zwolniona od podatku od towarów i usług, drugie zaś z tego powodu, że owo zwolnienie od podatku od towarów i usług nie wynika z przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, jak tego wymaga przepis art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej, lecz z przepisu art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie sprawy ze skargi Rafinerii "J." SA na decyzję Izby Skarbowej w Rz. z dnia 20 czerwca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w opłacie skarbowej - skargę oddala
Decyzją z dnia 20 czerwca 2000 r.(...) Izba Skarbowa w Rz., po rozpoznaniu odwołania Rafinerii "J." S.A. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w J. z dnia 29 marca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty i zwrotu opłaty skarbowej w kwocie 568 400 zł od umowy sprzedaży zawartej w dniu 19 stycznia 2000 r. (...).
Jako podstawę materialnoprawną decyzji orzekający w sprawie organ powołał art. 1 ust. 1 pkt 2 i art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./.
W uzasadnieniu decyzji podniesiono, że aktem notarialnym sporządzonym w dniu 19 stycznia 2000 r. (...) Spółka z o.o. C.-B. Polska nabyła w drodze umowy od Rafinerii "J." SA prawo użytkowania wieczystego czterech działek położonych w J.-O. nr 14 N. nr 106218, 1062/10, 1062/33 i nr 1062/34 odpowiednio o powierzchni 0,5a 09m2, 6 ha 92a 60 m2, 3ha 01a 61m 2 oraz 4a 59 m2 i prawo własności położonych na nich budynków i innych urządzeń oraz instalacji przemysłowych znajdujących się na przedmiotowych nieruchomościach i trwale związanych z gruntem.
Notariusz sporządzając akt notarialny pobrał opłatę skarbową od wartości określonych w pkt 3.1 lit. "a", "b", "c" umowy, w kwocie 609.400 zł, którą strony czynności cywilnoprawnej uiściły po połowie. W dniu 22.02.2000 r. C.-B. Polska Sp. z o.o. w J. wystąpiła do Urzędu Skarbowego w J. z żądaniem stwierdzenia nadpłaty w opłacie skarbowej, pobranej przez notariusza przy sporządzaniu aktu sprzedaży oraz zwrotu połowy nienależnie uiszczonej opłaty skarbowej. Z żądaniem takim wystąpiła również druga strona czynności cywilnoprawnej Rafineria "J." S.A.
Wnioskodawca w swoim żądaniu powołał się na wyroki NSA z dnia 5 stycznia 1999 r. III SA 1326/98 oraz z dnia 17 listopada 1998 r. III SA 1166/97 z których wynika, iż opłacie skarbowej nie podlegają czynności cywilnoprawne w postaci umowy sprzedaży zawierane przez podatników o których mowa w art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Wydaną odmowną decyzję Urząd Skarbowy uzasadnił tym, że jeżeli przedmiotem sprzedaży są towary używane, /w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług/, których sprzedaż jest zwolniona od podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku VAT, to czynność ta podlega opłacie skarbowej, ponieważ przepis art. 3 ust. 1 pkt 5 ustawy o opłacie skarbowej nie stanowi podstawy do wyłączenia obowiązku jej uiszczenia w odniesieniu do podatników zwolnionych od podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o VAT.
Przepis art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23/ stanowi, iż "nie podlegają opłacie skarbowej następujące czynności cywilnoprawne: umowy sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu zawierane przez podatników o których mowa w art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50/, oraz inne tego rodzaju umowy, objęte zwolnieniami na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2, a także umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 14 tej ustawy, w zakresie czynności zwolnionych od podatku".