Wykreślenie podatnika z rejestru, o którym mowa w art. 9 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ skutkuje na podstawie art. 25 ust. 3 tej ustawy utratą uprawnień wykreślonego podatnika do obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego, gdyż uprawnienie to dotyczy statusu podatnika w momencie rozliczenia podatku, a nie w momencie otrzymania faktury zakupu.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 22 czerwca 1995 r. sprawy ze skargi Małgorzaty Z. na decyzję Izby Skarbowej w Z.G. z dnia 20 grudnia 1994 r. (...) w przedmiocie odmowy wyrażenia zgody na zwrot nadwyżki podatku od towarów i usług - oddala skargę.
Urząd Skarbowy w Ś. decyzją z dnia 22 września 1994 r. na podstawie art. 9 ust. 4 i art. 25 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ odmówił Małgorzacie Z. wyrażenia zgody na zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 16.390.000 zł za okres od 1 stycznia do 15 lutego 1994 r.
Małgorzata Z. prowadziła działalność gospodarczą w zakresie handlu artykułami przemysłowymi.
W dniu 29 kwietnia 1994 r. wymieniona złożyła w Urzędzie Skarbowym w Ś. deklarację podatkową dla podatku od towarów i usług VAT-7 za okres stycznia i lutego 1994 r.
W deklaracji tej Małgorzata Z. określiła wysokość podatku na kwotę 38.593.000 zł.
W dniu 15 czerwca 1994 r. Małgorzata Z. złożyła w tym samym Urzędzie Skarbowym drugą deklarację podatku VAT za ten sam okres, korygując poprzednie wyliczenie podatku. W deklaracji tej odliczono podatek od towarów i usług zawarty w zapasach na dzień 31 grudnia 1993 r., w związku z czym wystąpiła nadwyżka podatku naliczonego nad podatkiem należnym w wysokości 16.390.000 zł.
Z wnioskiem o zwrot tej nadwyżki Małgorzata Z. wystąpiła pismem z dnia 18 sierpnia 1994 r.
W dniu 29 kwietnia 1994 r. podatniczka zawiadomiła Urząd Skarbowy w Ś. o zaprzestaniu działalności podlegającej opodatkowaniu.
Urząd Skarbowy w uzasadnieniu decyzji odmawiającej zwrotu nadwyżki podatku stwierdził, iż w wyniku zgłoszenia przez Małgorzatę Z. zaprzestania działalności nastąpiło wykreślenie podatniczki z rejestru, o którym mowa w art. 9 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Wobec wykreślenia z tego rejestru brak - zdaniem organu I instancji - podstaw do zwrotu nadwyżki podatku w świetle art. 25 ust. 3 ustawy.
Małgorzata Z. w odwołaniu wniesionym od decyzji Urzędu Skarbowego w Ś. do Izby Skarbowej w Z.G. wniosła o zmianę decyzji organu I instancji i zwrot na rzecz odwołującej się nadwyżki podatku naliczonego i wpłaconego nad należnym.
Zdaniem odwołującej się odmowa zwrotu nadpłaconego podatku jest dla niej krzywdząca, zważywszy, że Małgorzata Z. zmuszona była do zaprzestania działalności gospodarczej w związku z zadłużeniem wobec banku, ZUS i Spółdzielnie "S." w S. Ponadto Małgorzata Z. powołała się w uzasadnieniu odwołania na swoją bardzo trudną sytuację materialną i rodzinną. Izba Skarbowa w Z.G. decyzją z dnia 20 grudnia 194 r. utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję organu I instancji, powołując się na art. 25 ust. 3 oraz art. 9 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Organ II instancji podzielił w całości stanowisko zawarte w decyzji Urzędu Skarbowego w Ś.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Małgorzata Z. wniosła o uchylenie decyzji Izby Skarbowej w Z.G. zarzucając zaskarżonej decyzji naruszenie art. 25 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym przez jego niewłaściwą interpretację. Zdaniem skarżącej przysługuje jej zwrot różnicy podatku naliczonego nad należnym w oparciu o art. 21 wyżej powołanej ustawy.