Wobec braku w ustawie z dnia 9 grudnia 1993 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 129 poz. 599/ przepisów przejściowych dotyczących sankcji związanych z nieprawidłowym prowadzeniem ewidencji do celów podatku od towarów i usług należy przy orzekaniu stosować regułę lex benignior, nakazującą - w razie stwierdzenia sprzeczności w zakresie sankcji prawnofinansowych - uznać za wiążącą ustawę "bardziej łaskawą", mniej surową w stosunku do sprawcy czynu naruszającego prawo.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi spółki z o.o. "F. N." w P. na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 29 czerwca 1994 r. w przedmiocie obniżenia podatku naliczonego za listopad 1993 r. i na podstawie art. 207 par. 2 pkt 1 Kpa uchylił zaskarżoną decyzję, a także - zgodnie z art. 208 Kpa - zasądził od Izby Skarbowej na rzecz skarżącej osiem tysięcy dziewięćset siedemdziesiąt sześć złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Urząd Skarbowy w P. decyzją nr AD-V-827/29/94 z dnia 3 lutego 1994 r., wydaną na podstawie art. 8 ust. 2 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. nr 27 poz. 111 ze zm./ oraz na podstawie par. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 1989 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1990 nr 1 poz. 4 ze zm./, obniżył o 4 448 000 000 zł wysokość podatku naliczonego za listopad 1993 r. przez spółkę z o.o. "T. N." z P. W uzasadnieniu organ podatkowy wyjaśnił, że w trakcie przeprowadzonej w dniu 7 stycznia 1994 r. kontroli ewidencji zakupów i sprzedaży na potrzeby podatku od towarów i usług ustalono, iż spółka zaewidencjonowała w rejestrze zakupów w poz. 1 za listopad 1993 r. fakturę nr 55/93/Ł z dnia 2 listopada, 1993 r., wystawioną przez spółkę z o.o. "R." w Ś. na 102 tony kawy o wartości netto 4 080 000 000 zł i podatek od towarów i usług w wysokości 897 600 000 zł. Podczas kontroli ustalono również, iż w ewidencji spółki brak jest dowodów świadczących o przyjęciu kawy na stan magazynowy. Z zebranego przez Urząd materiału wynika, iż kawa nigdy nie była w posiadaniu spółki "T. N.". W dokumentach spółki znajduje się pismo z dnia 12 listopada 1993 r., w którym spółka "R." anuluje fakturę nr 55/93/Ł z dnia 2 listopada 1993 r. z tego powodu, że kawa została wprowadzona na polski obszar celny czasowo. Dalej Urząd Skarbowy stwierdza, iż w protokole kontroli doraźnej z dnia 20 grudnia 1993 r. dyrektor spółki Marek B. oświadczył, że kawa nie została do dnia 20 grudnia 1993 r. odebrana i znajduje się u wystawcy faktury, ponieważ Urząd Skarbowy w J.G. zajął na podstawie decyzji egzekucyjnej nr VSV-99/987/93 z dnia 21 grudnia 1993 r. kawę za zobowiązania podatkowe spółki "T. N.". Z tych powodów Urząd, powołując się na art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz wytyczne Dyrektora Izby Skarbowej w (...), zawarte w piśmie nr IS-PP-A-077a/I194 z dnia 10 stycznia 1994 r. w sprawie nieprawidłowości w zakresie stosowania przez podatników przepisów o podatku od towarów i usług, nie uznaje faktury nr 55/93/Ł z dnia 2 listopada 1993 r. za dowód nabycia kawy i tym samym stwierdza, iż nienależnie przyjęto jako podatek naliczony kwotę 897 600 000 zł w poz. 1 zakupów. Zgodnie z tym przepisem stosuje sankcję pięciokrotności zawyżenia podatku naliczonego. Nie uwzględniając wyjaśnień spółki, zawartych w piśmie z dnia 14 stycznia 1994 r., Urząd wyjaśnia, iż z art. 19 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług wynika, że kwota podatku naliczonego jest określona w fakturach stwierdzających nabycie towaru. Podatnik nigdy nie był w posiadaniu omawianej kawy. Zgodnie też z par. 2 pkt 3 oraz par. 20 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 12 maja 1993 r. w sprawie podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 39 poz. 176 ze zm./ przez podatek naliczony rozumie się podatek określony w dokumencie stwierdzającym nabycie towaru, a wystawienie faktury nie może odbywać się później niż w ciągu 7 dni od dnia wydania towaru i nie później niż w ostatnim dniu miesiąca, w którym towar wydano. Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług oraz wydane w związku z nią rozporządzenia nie przewidują wystawienia przez podatnika faktury dokumentującej sprzedaż towaru przed wydaniem tego towaru. Nieodebranie kawy przez okres 2 miesięcy budzi wątpliwości co do wiarygodności przeprowadzonej transakcji.