Jeżeli w następstwie zmiany decyzji celnej w części dotyczącej podstawy opodatkowania powstała nadpłata podatku pobranego wcześniej przez urząd celny jako płatnika, to za datę powstania nadpłaty podatku, o której mowa w art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./, należy przyjąć dzień doręczenia decyzji celnej, którą uchylono lub zmieniono wcześniejszą decyzję celną, będącą podstawą pobrania podatku nadpłaconego.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Wyższej Szkoły Pedagogicznej w K. na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 22 listopada 1994 r. w przedmiocie wypłaty oprocentowania i na podstawie art. 207 par. 1 i 2 pkt 1 i 3 Kpa uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Urzędu Skarbowego w K., a także - zgodnie z art. 208 Kpa - zasądził od Izby Skarbowej na rzecz strony skarżącej dwieście czterdzieści złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Izba Skarbowa w (...) decyzją z dnia 22 listopada 1994 r. nr PP.1-823-197/94 utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w K. z dnia 9 września 1994 r. nr PP.VII/823/432/94, którą odmówiono Wyższej Szkole Pedagogicznej w K. wypłaty oprocentowania od nadpłaconych podatków: granicznego, akcyzowego oraz od towarów i usług, pobranych przez Urząd Celny w K. jako płatnika od sprowadzonego przez Szkołę z zagranicy sprzętu audiowizualnego.
Przy odprawie celnej w dniu 17 lutego 1994 r. obciążono stronę cłem oraz pobrano od niej podatki: graniczny, akcyzowy oraz od towarów i usług. W związku z tym, że Prezes Głównego Urzędu Ceł decyzją z dnia 24 czerwca 1994 r. nr DPC.II/IV-411-388/94/6320 uchylił decyzję wymierzającą stronie cło i uznał sprowadzony przez nią z zagranicy sprzęt audiowizualny za wolny od cła, Urząd Skarbowy w K., na wniosek strony, decyzją z dnia 9 września 1994 r. nr PP.VII.823-432/94 orzekł o zwrocie zapłaconych podatków: granicznego w wysokości 2 607 000 zł, akcyzowego w wysokości 6 206 000 zł i od towarów i usług w wysokości 11 497 000 zł. Nie uwzględniono natomiast wniosku strony o wypłacenie jej od tych podatków odsetek na podstawie art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./.
Organy podatkowe obu instancji zajęły stanowisko, że zgodnie z art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych stronie nie przysługują odsetki od zwróconych jej podatków stanowiących nadpłatę, gdyż nadpłata ta nie powstała w związku z uchyleniem lub zmianą decyzji ustalającej wysokość tych podatków. Podatki te bowiem zostały naliczone i pobrane zgodnie z art. 11 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ przez Urząd Celny w K. jako płatnika /art. 3 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych/. Zmiana decyzji o wymiarze cła pociągnęła za sobą zwrot zapłaconego cła. Decyzja ta jednak nie wywołała w odniesieniu do podatków skutków prawnych określonych w art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych.
Decyzję Izby Skarbowej w (...) Wyższa Szkoła Pedagogiczna w K. zaskarżyła do Naczelnego Sądu Administracyjnego, wnosząc o jej uchylenie.
W skardze podniesiono, że od zwróconych skarżącej nadpłat podatków granicznego, akcyzowego i od towarów i usług powinno być obliczone i wypłacone oprocentowanie zgodnie z art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych. Urząd Celny w K., ustalając skarżącej powyższe podatki, działał jako organ podatkowy.
W pismach procesowych z dnia 9 lutego 1995 r. strona skarżąca wyjaśnia, że nadpłata podatków w ogólnej wysokości 2 031 zł /w nowej walucie/ została przez Urząd Skarbowy w K. zaliczona na poczet należnego od strony podatku od towarów i usług w wysokości 1 410,40 zł /w nowej walucie/ w dniu 3 października 1994 r. i 620,60 zł /w nowej walucie/ w dniu 3 listopada 1994 r. Odsetki od 1 410,40 zł za okres od 2 marca 1994 r. do 3 października 1994 r. wynoszą 562,52 zł, a od 620,60 zł za okres od 2 marca 1994 r. do 3 listopada 1994 r. 280,39 zł. (...)