O tym, czy nieuznanie za dowód w postępowaniu podatkowym ksiąg prowadzonych przez podatnika było prawnie uzasadnione, decydują tylko te okoliczności, które zostały podane przez organ podatkowy w uzasadnieniu decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego /art. 169 par. 2 zd. ostatnie Kpa/.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Franciszka Ł. na decyzję Izby Skarbowej w Nowym Sączu z dnia 24 października 1983 r. w przedmiocie ustalenia miesięcznych zaliczek na podatki obrotowy i dochodowy i na podstawie art. 207 par. 2 pkt 3 Kpa uchylił zaskarżoną decyzję, a także - zgodnie z art. 208 Kpa - zasądził od Izby Skarbowej w Nowym Sączu kwotę złotych cztery tysiące trzysta sześćdziesiąt tytułem zwrotu kosztów postępowania na rzecz skarżącego.
Izba Skarbowa w Nowym Sączu, po rozpatrzeniu odwołania Franciszka Ł., decyzją nr IS-V-3252/4/2/83 z dnia 24 października 1983 r. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w N. S. z dnia 11 lipca 1983 r., którą ustalono miesięczne zaliczki na podatki obrotowy i dochodowy za okres od stycznia do czerwca 1983 r. w kwotach po 82.299 zł. Zaliczki te zostały ustalone od przychodów uzyskiwanych przez Franciszka Ł. z prowadzonego przez niego sklepu galanteryjno-obuwniczego w N. S., a ich wysokość obliczona została od podstawy opodatkowania ustalonej w drodze szacunkowej, po pominięciu prowadzonej przez podatnika księgi podatkowej jako dowodu w postępowaniu podatkowym. Pominięcie księgi podatkowej nastąpiło po stwierdzeniu w czasie kontroli przeprowadzonej w dniu 8 kwietnia 1983 r., że pracująca w sklepie ekspedientka nie wpisała do ewidencji sprzedaży kwoty 1.920 zł, zainkasowanej za sprzedaną klientce jedną parę butów. Zaliczki miesięczne na podatek obrotowy w kwocie po 34.837 zł obliczono przy przyjęciu rocznego obrotu szacunkowego w wysokości 9.300.000 zł, zaliczki miesięczne zaś na podatek dochodowy w kwocie po 43.549 zł - po ustaleniu rocznego dochodu szacunkowego w wysokości 837.000 zł. Dochód ustalono przy zastosowaniu 9 procent normy zyskowności netto od obrotu.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego, podobnie jak wcześniej w odwołaniu, Franciszek Ł. kwestionował zarówno zasadność pominięcia prowadzonych przez niego ksiąg jako dowodu w postępowaniu podatkowym, jak i wysokość ustalonego mu obrotu w drodze szacunkowej, a w konsekwencji - wysokość miesięcznych zaliczek na podatki obrotowy i dochodowy. Wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji jako wydanej z naruszeniem prawa. Wskazał przy tym, że niewpisanie przez ekspedientkę w dniu 8 kwietnia 1983 r. zainkasowanej od klientki należności nie stanowiło naruszenia przepisów o prowadzeniu ksiąg podatkowych, gdyż klientka ta - w chwili interwencji przedstawicielki Izby Skarbowej w Nowym Sączu - nie zakończyła jeszcze zakupów w sklepie, a ekspedientka miała wpisać zainkasowaną należność po zakończeniu obsługi tej klientki. Ponadto skarżący uznał ustalony obrót za zawyżony w stosunku do obrotu możliwego do osiągnięcia w tym okresie.
W odwołaniu od decyzji organu I instancji Franciszek Ł. zadeklarował roczny obrót w wysokości 7 milionów zł. Od tego obrotu powinny być, jego zdaniem, ustalone miesięczne zaliczki na podatki obrotowy i dochodowy, gdyby zasadne było pominięcie ksiąg jako dowodu w postępowaniu podatkowym. Stanowisko to podtrzymał na rozprawie sądowej, dołączając odpis wyroku Sądu Rejonowego w N. S. z dnia 27 stycznia 1984 r. II K 23/84, którym został uniewinniony od zarzutu z art. 89 par. 1 u.k.s., że w 1983 r. nierzetelnie prowadził księgę podatkową, nie wpisując do ewidencji sprzedaży kwot uzyskanych za sprzedaż towarów, przez co naraził Skarb Państwa na uszczuplenie należności podatkowych.