Ustalenie "samodzielności bilansowej", o której mowa w art. 20 ust. 1 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1991 nr 49 poz. 216/ wymaga oceny zarówno przepisów organizacyjnych podatnika, jak i rzeczywistego stanu zachodzącego w sposobie rozliczeń oddziału.
Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w G., na podstawie której Bankowi w B. Oddział w G. ustalono zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 1991 w oparciu o przepisy ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1991 nr 49 poz. 216/.
Organ odwoławczy podał, że Oddział w G. złożył w styczniu 1992 r. sprawozdanie "rachunek strat i zysków za 1991 r." oraz zeznanie o wysokości dochodu osiągniętego w okresie od stycznia do grudnia 1991 r., w którym wykazał stratę bilansową. 1 kwietnia 1992 r. Oddział w G. złożył "ostateczne po weryfikacji bilansu" zeznanie o wysokości osiągniętego dochodu za podany okres, w którym wykazał dochód ze źródła przychodów, stanowiący różnicę między dochodami przyszłych okresów i stratą bilansową.
Po przeprowadzeniu kontroli podatkowej organ podatkowy I instancji ustalił ostatecznie dochód, wyliczony jako wspomniana różnica powiększona o wydatki nie stanowiące kosztów uzyskania przychodów oraz kwotę różnicy między oprocentowaniem udzielonych pracownikom pożyczek, traktowaną jako opust z ceny i pomniejszoną o kwoty darowizn. Od tak wyliczonej kwoty dochodu obliczono podatek dochodowy, a wobec tego, że część podatku wpłacona została zaliczkami, do zapłaty pozostała reszta.
W odwołaniu od decyzji pierwszoinstancyjnej Bank w B., nie kwestionując podstaw opodatkowania, zarzucił naruszenie przepisów o właściwości miejscowej twierdząc, że właściwy do rozliczenia podatku dochodowego, zgodnie z położeniem siedziby Banku, powinien być Urząd Skarbowy w B. W celu wykazania, iż rozliczenia wszystkich oddziałów Banku dokonała centrala Banku, przedłożono zeznanie podatkowe roczne oraz polecenie przelewu na rachunek Urzędu Skarbowego w B., obejmującej również kwotę należnego do zapłaty podatku od Oddziału w G.
Zdaniem organu odwoławczego nie można podzielić stanowiska zajętego w odwołaniu, że na Oddziale w G. nie ciążył w 1991 r. obowiązek rozliczenia się z podatku dochodowego w Urzędzie Skarbowym w G., gdyż przepis art. 20 ust. 1 pkt 2 cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie miał tu zastosowania.
Wobec tego, że Oddział w G. wykazał ostatecznie dochód do opodatkowania /po weryfikacji bilansu/ i nie można było mówić o niedoborze w rozumieniu art. 5 ust. 2 cyt. ustawy, to zgodnie z przepisem art. 20 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych Oddział w G. zobowiązany był do uregulowania podatku dochodowego w wysokości wynikającej z decyzji. Centrala Banku w B. może się zwrócić do Urzędu Skarbowego w B. o zwrot wpłaconej różnicy podatku.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Bank w B. wnosił o stwierdzenie nieważności wydanych w sprawie decyzji z uwagi na naruszenie przepisów o właściwości miejscowej organów podatkowych, bowiem Oddział Banku nie może być traktowany w sprawie jako samodzielny podatnik. Ponadto, zdaniem skargi, Oddział Banku nie sporządzał samodzielnie bilansu i rachunku wyników.
W odpowiedzi na skargę z 12 stycznia 1994 r. wnoszono o jej oddalenie.