Zgodnie z art. 22 ust. 3 pkt 7 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. nr 80 poz. 350 ze zm./, opłata pozostająca w związku ze źródłem przychodów stanowi koszt uzyskania przychodu, jednakże pod warunkiem, że źródłem przychodów jest prawidłowo prowadzona działalność gospodarcza. Skoro więc wymierzona skarżącemu na podstawie art. 70 ust. 3 ustawy z dnia 28 grudnia 1989 r. - Prawo celne /Dz.U. nr 75 poz. 445 ze zm./ opłata manipulacyjna dodatkowa była następstwem nieprawidłowości w prowadzeniu działalności gospodarczej, to nie można było uznać jej za wydatek związany ze źródłem przychodów.
Zadaniem Sądu w badanej sprawie było rozstrzygnięcie, czy wymierzona skarżącemu - na podstawie art. 70 ust. 3 w związku z art. 40 ust. 2 ustawy z dnia 28 grudnia 1989 r. - Prawo celne /Dz.U. nr 75 poz. 445 ze zm./ opłata manipulacyjna dodatkowa stanowi wydatek, o którym mowa w art. 22 ust. 3 pkt 7 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. nr 80 poz. 350 ze zm./ a tym samym czy mogła być ujęta w ciężar kosztów uzyskania przychodów.
Rozstrzygając spór w tym przedmiocie Naczelny Sąd Administracyjny uznał, iż sporna opłata nie może obciążać kosztów uzyskania przychodów, albowiem nie stanowi ona wydatku związanego ze źródłem przychodu, w rozumieniu powołanego powyżej art. 22 ust. 3 pkt 7.
Należy przy tym zauważyć, iż Sąd nie uznając opłaty tej za koszt uzyskania przychodów nie podzielił argumentów przytoczonych w zaskarżonej decyzji a zmierzających do wykazania, iż opłata manipulacyjna dodatkowa stanowi swoistą karę za niedopełnienie przez skarżącego ciążących na nim obowiązków celnych.
Opłat manipulacyjnych dodatkowych, o których mowa w art. 70 ust. 2 i 3 Prawa celnego nie można traktować jako kary za niewykonanie obowiązków celnych, jakkolwiek zawierają one niewątpliwie elementy represji i są następstwem niedopełnienia tych obowiązków. Opłaty te, jak wynika to z treści powołanego przepisu, maja charakter administracyjny i są pobierane przede wszystkim za dokonanie przez organy celne dodatkowych czynności. Pobierane są obligatoryjnie i w takim przypadku, jaki określony w ust. 3 art. 70 Prawa celnego, przewoźnik lub spedytor nie ma możliwości uwolnienia się od obowiązku wniesienia tej opłaty.
Oznacza to, że pobranie opłaty manipulacyjnej dodatkowej nie jest uzależnione od stopnia zawinienia tego podmiotu, okoliczności, w jakich doszło do zaistnienia określonej w przepisie sytuacji czy też przyczyniania się innych osób występujących w dokonywanym obrocie z zagranicą. Nie mają na to w związku z tym wpływu elementy, które uwzględnia się przy orzekaniu o karze w postępowaniu karnym, karnym skarbowym i administracyjnym. Kary orzekane są tylko w tych postępowaniach, a katalog ich jest pełny i zamknięty i określony przepisami rangi ustawowej.
Stąd też twierdzenie organów, iż sporna opłata stanowi karę za niewykonanie obowiązków celnych i z uwagi na jej represyjny charakter należy zaliczyć ją do kar pieniężnych, o których mowa w art. 23 ust. 1 pkt 10 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, Sąd uznał za nietrafne.
Jak już powyżej podano Sąd nie podzielił również zarzutów i twierdzeń zawartych w skardze, uznając, iż wymierzona skarżącemu opłata manipulacyjna dodatkowa nie stanowi kosztu uzyskania przychodów.
Zgodnie z art. 22 ust. 3 pkt 7 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych opłata pozostająca w związku ze źródłem przychodów stanowi koszt uzyskania przychodów, jednakże pod warunkiem, że źródłem przychodów jest prawidłowo prowadzona działalność gospodarcza. Za prawidłowo zaś prowadzoną działalność gospodarczą należy uznać tę, w której znajdują odzwierciedlenie wszystkie przeprowadzone operacje gospodarcze i są one właściwie wykazane i prawidłowo rozliczone.
W badanej sprawie bezspornym był fakt niezgłoszenia przez skarżącego do odprawy celnej 410 sztuk spodni o wartości celnej 81.044.700 st. zł.
W świetle tego faktu trudno uznać, iż przeprowadzona przez skarżącego w ramach wykonywanej działalności gospodarczej transakcja zakupu spodni, była prawidłowo prowadzoną działalnością gospodarczą a skutkami tej nieprawidłowej działalności obciążyć Skarb Państwa, nawet przyjmując, iż skarżący nie miał wiedzy o występującej nadwyżce w przewożonym towarze. Ryzyko w tym względzie ponoszą strony kontraktu i skarżący może dochodzić zwrotu poniesionych wydatków od dostawcy towaru, skoro dostawca uznał zaistniałą sytuację. Brak jest natomiast racjonalnych przesłanek do uznania, aby to Skarb Państwa ponosił konsekwencje w takich przypadkach.