Niewyjaśnienie wszystkich okoliczności faktycznych w trakcie postępowania podatkowego mających na celu dokładne wyjaśnienie stanu sprawy powoduje naruszenie przepisu art. 122 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, co w konsekwencji prowadzi do uchylenia decyzji podatkowej przez Naczelny Sąd Administracyjny w ramach procesu kontroli tej decyzji.
Inspektor Kontroli Skarbowej A. K. w Urzędzie Kontroli Skarbowej w B., powołując przepisy art. 45 ust. 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. 1993 nr 90 poz. 416 ze zm. art. 21 par. 1 pkt 1 i par. 3, art. 51 par. 1, art. 53 par. 1 i 4, art. 207 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./; art. 24 ust. 2 pkt 1 i art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej /Dz.U. nr 100 poz. 442 ze zm./, decyzją z dnia 31 grudnia 1998 r. (...) określił J. S. wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1995 rok w kwocie 37.173,30 zł w miejsce zeznanego w wysokości 2.116,90 zł; wysokość zaległości podatkowej w tym podatku na dzień wydania decyzji w kwocie 35.056,30 złotych oraz odsetki za zwłokę 49.164,80 złotych. Z treści uzasadnienia decyzji wynika, że w wyniku przeprowadzonego postępowania przez Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w B., stwierdzono nierzetelne prowadzenie przez podatnika księgi przychodów i rozchodów.
Dowodem nierzetelności, zdaniem organu kontroli, była wynikająca z zeznania rocznego podatnika i księgi przychodów i rozchodów marża handlowa. W grupie towarów opodatkowanych stawką "0" podatku od towarów i usług, które stanowiły 76,95 procent ogółu sprzedaży, marża wykazana wynosiła 2,49 procent co jest wielkością znacznie zaniżoną nawet w świetle badań naukowych dr inż. Zygmunta Kamińskiego z Naczelnej Rady Aptekarskiej zamieszczonych w czasopiśmie "Ekonomia w aptece", gdzie podano, że na przełomie lat 1994-1995 średnia marża w aptekach w kraju wynosiła 20,6 procent do 21,3 procent.
W tej sytuacji Inspektor Kontroli Skarbowej odrzucił jako dowód w postępowaniu podatkowym podatkową księgę przychodów i rozchodów w oparciu o przepisy art. 193 par. 4 Ordynacji podatkowej. Powołując przepisy art. 23 par. 3 Ordynacji podatkowej dochód wyliczono w oparciu o dane wynikające z ewidencji księgowej uzupełniając je o przychód wyliczony przy zastosowaniu cen ustalonych w oparciu o zrealizowane w aptece recepty lekarskie grupy analizowanych leków: Lorinden A, Lorinden C, Flucinar, Clotrimazol krem, Clotrimazol tabl., Biseptol 120 x 20, Biseptol 480 x 20, Erythromycin, Metindol, Metronidazol, Sustonit. Wszystkie te leki obciążone były stawką "0" podatku od towarów i usług. Analizując ceny zakupu i ceny sprzedaży tych leków wynikające ze zrealizowanych recept, kontrola wykazał, że podatnik uzyskał marżę, w wysokości 23,07 procent.
Uwzględniając upusty wynikające z wyjaśnień podatnika średnio w wysokości 14 procent wyliczono sprzedaż na łączną kwotę 812.128,10 zł. Ponieważ sprzedaż zeznana przez podatnika wynosiła kwotę 730.102,00 zł, przeto przyjęto zaniżenie przez podatnika kwoty sprzedaży /przychodu/ o kwotę 82.026,10 zł. Koszty uzyskania przychodów przyjęto w wysokości wynikającej z podatkowej księgi przychodów i rozchodów. W oparciu o powyższe wyliczenia, zeznany przez podatnika dochód do opodatkowania w kwocie 11.503,35 zł zwiększono o kwotę 82.026,10 i łączny przychód przyjęto w wysokości 93.529,45 zł. W związku z tym należny podatek dochodowy za rok 1995 wyliczono w wysokości 37.173,15 zł i po uwzględnieniu kwoty zeznanej i zapłaconej przez podatnika w wysokości 2.116,90 zł, do przypisu i zapłacenia wyliczono podatek w kwocie 35.056,30 zł.