W sytuacji, gdy podatnik obniżał podatek należny o kwoty podatku naliczonego, pomimo tego, że dostawa towaru nie nastąpiła i faktury nie zostały opłacone, organy podatkowe prawidłowo zastosowały przepisy art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Urząd Skarbowy w P. decyzją z dnia 14 lipca 1994 r. ustalił dla "W" Spółka z o.o. z udziałem zagranicznym w P., zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące sierpień i wrzesień 1993 r. w wysokości:
- sierpień 1993 r. - nadwyżka podatku naliczonego nad należnym w kwocie do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości: 6.238.000,-
- wrzesień 1993 r. - kwota podatku podlegająca wpłacie do Urzędu Skarbowego w wysokości 110.327.000,-
W uzasadnieniu wskazano, że w wyniku przeprowadzonej kontroli przez pracowników Urzędu Skarbowego w P. w zakresie prawidłowo deklarowanych podstaw opodatkowania i naliczania podatku od towarów i usług stwierdzono szereg nieprawidłowości, a mianowicie:
- w miesiącu sierpniu 1993 r. Spółka "W" w P. wprowadziła do kosztów wydatek według faktury VAT z dnia 14 sierpnia 1993 r. na zł. 700.000,- w tym VAT - 126.000,- który był wystawiony dla firmy Dystrybutor Firmy C. C. w P. Wydatek ten nie stanowi kosztu uzyskania przychodu w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym i zgodnie z art. 25 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, obniżenia podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, które nie są kosztem uzyskania przychodu. W związku z zawyżeniem kwoty podatku naliczonego zastosowano przepisy art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy,
- we wrześniu 1993 r. ta sama Spółka otrzymała dwie faktury VAT z dnia 29 września 1993 r. na ogólną sumę 176.402.300,- zł w tym VAT 31.810.300,- zł - obie wystawione przez C. C. P. CBO G. Spółka towaru objętego tymi fakturami nie otrzymała i nie zapłaciła należności. Stwierdzone zostało, że podatnik obniżył na podstawie tych faktur podatek należny o kwotę podatku naliczonego w obu tych fakturach. W tej sytuacji Urząd Skarbowy w P. zmuszony był zastosować sankcje - zwiększając trzykrotnie kwotę zawyżonego podatku - art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy.
Od powyższej decyzji odwołanie wniosła Spółka, żądając uchylenia decyzji organu podatkowego pierwszej instancji w zakresie zastosowanych sankcji z przepisów art. 27 ust. 5 pkt 2 wyrażających się łączną kwotą 95.430.900,- zł, ewentualnie o przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania organów pierwszej instancji. W uzasadnieniu odwołania powołano się na wyjaśnienia Sekretarza Stanu w Ministerstwie Finansów - Witolda Modzelewskiego zawarte w "Rzeczypospolitej" Nr 48 z dnia 26-27 lutego 1994 r., gdzie zapewniano, że w przypadku obniżenia przez podatnika podatku naliczonego wynikającego z faktury VAT, którą podatnik otrzymał przed nadejściem towaru, możliwym było odstąpienie od stosowania przez Urzędy Skarbowe sankcji przewidzianych w art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy. Zdaniem odwołującego się należało odstąpić od stosowania sankcji ponieważ: