Ustawodawca nie przewidział w art. 25 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ jako wyjątku możliwości zwrotu podatku spadkobiercom podatnika z powodu wykreślenia podatnika z rejestru wskutek jego śmierci.
Decyzją z dnia 5 lutego 1999 r. izba skarbowa utrzymała w mocy decyzję urzędu skarbowego odmawiającą podatniczce zwrotu nadwyżki podatku VAT naliczonego nad należnym po zmarłym mężu, który był podatnikiem podatku od towarów i usług.
Z ustaleń organów skarbowych wynikało, że zmarły podatnik prowadził przedsiębiorstwo handlowo-usługowe. Zmarł dnia 7 września 1998 r. W deklaracji VAT-7 za wrzesień 1998 r. żona zmarłego wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w kwocie 5.122 zł i zażądała zwrotu tej kwoty. Przedstawiła postanowienie sądu rejonowego o stwierdzeniu nabycia spadku, z którego wynikało, iż nabyła spadek po mężu wraz z czworgiem dzieci.
Urząd skarbowy wydał decyzję odmowną, powołując się na art. 207 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa w związku z art. 10 ust. 2 oraz art. 25 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Zarówno organ I instancji, jak też izba skarbowa stwierdziły, iż zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym mógłby być uwzględniony tylko na rzecz podatnika zarejestrowanego w momencie dokonywania zwrotu.
Dnia 7 września 1998 r. przedsiębiorstwo handlowo-usługowe zostało wykreślone z rejestru podatników podatku od towarów i usług. Zgodnie z przepisami art. 9 ust. 4 i ust. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./: Jeżeli podatnik zarejestrowany na podstawie ust. 2 zaprzestał wykonywania czynności podlegającej opodatkowaniu obowiązany jest zgłosić zaprzestanie działalności urzędowi skarbowemu, który dokonał rejestracji. W przypadku śmierci podatnika zgłoszenia dokonuje jego następca prawny /art. 9 ust. 5/. Zgłoszenie to stanowi podstawę dla urzędu skarbowego do wykreślenia podatnika z rejestru. Artykuł 25 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług stanowi, że obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie dokonali zgłoszenia rejestracyjnego lub zostali wykreśleni z rejestru, o którym mowa w art. 9.
Prawo do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym nie przechodzi z jednego podmiotu na drugi, ponieważ brak jest przepisu podatkowego, który stanowiłby o tym przejściu. Prawo to nie przechodzi na żonę zmarłego podatnika, ponieważ jest ona odrębnym podatnikiem. Kwota do zwrotu jest związana z konkretnym podmiotem, prawidłowo zarejestrowanym i istniejącym w chwili dokonywania zwrotu. Ponieważ urząd skarbowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym dokonuje w okresie 25 dni od otrzymania deklaracji za dany miesiąc, w przedmiotowym przypadku nie doszło do przekroczenia terminu do zwrotu. W tym momencie. podmiot uprawniony już nie istniał, a przepisy prawa podatkowego nie przewidują przejścia powyższego prawa na inny podmiot. Powyższego prawa nie można zbyć również w drodze czynności cywilnoprawnych.