Odrębnym zagadnieniem jest wymiar podatku regulowany decyzją określającą wysokość podatku od towarów i usług obciążającego spółkę, a czym innym decyzja orzekająca o odpowiedzialności wspólników za zobowiązania podatkowe spółki.
oddala skargę w przedmiocie odpowiedzialności (...) za zobowiązania podatkowe Spółki z o.o. "B" (...) w podatku od towarów i usług należnego od rat przekazywanych w związku z importem usług.
Urząd Skarbowy w Ł. decyzją z dnia 28 sierpnia 1994 r., powołując przepisy art. 47 ust. 2 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych orzekł o odpowiedzialności Bogusława Ś. za zobowiązania podatkowe Spółki z o.o. "B" z siedzibą w J. k/Ł. w podatku od towarów i usług należnego od rat przekazywanych w związku z importem usług za sierpień i wrzesień 1993 r. w kwocie 684.421.000 złotych.
W uzasadnieniu wskazano, że zobowiązanie Spółki wynosi 2.737.685.000 zł., a udział w kapitale zakładowym Bogusława Ś. wynosi 25 procent. W tej sytuacji odpowiedzialność w 1/4 za zobowiązania Spółki obciąża Bogusława Ś. Spółka za rok 1993 osiągnęła stratę w wysokości 19.141.206.000 zł., zaś kapitał zakładowy wynosi 1.000 mln zł. Pokrycie więc zobowiązania podatkowego przez Spółkę jest niemożliwe i dlatego orzeczono o odpowiedzialności Wspólnika proporcjonalnie do jego udziału w kapitale zakładowym Spółki.
Odwołując się od powyższej decyzji Bogusław Ś. podnosił, że jest ona niezgodna z prawem albowiem narusza przepisy dotyczące podatku od towarów i usług oraz normy ogólne Kodeksu postępowania administracyjnego. Kwestionował w ogóle istnienie obowiązku podatkowego, jego zdaniem umowa o zakup i wyposażenie chłodni w J. jest umową o charakterze opcji leasingu finansowego, a nie opcji leasingu operacyjnego. Ponadto decyzja określająca wysokość podatku, w momencie wydawania decyzji o przeniesieniu odpowiedzialności podatkowej na wspólnika za zobowiązania podatkowe spółki nie podlegała jeszcze wykonaniu albowiem nie została rozpoznana skarga przez Sąd Administracyjny na decyzję wymiarową.
Izba Skarbowa w Ł. decyzją z dnia 22 listopada 1994 r. utrzymała w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Wyjaśniono w uzasadnieniu, że zaskarżenie decyzji do Sądu Administracyjnego nie wstrzymuje jej wykonania; w sprawie zaś zobowiązań spółki została wydana prawomocna decyzja ustalająca ich wysokość i ponieważ zobowiązań tych nie można wyegzekwować od spółki, dlatego przeniesiono odrębną decyzja odpowiedzialność za zobowiązania spółki na wspólników. Ustosunkowano się też do zarzutów naruszenia ogólnych norm postępowania administracyjnego.
Skarżąc powyższą decyzję Bogusław Ś. zarzucił, że wydana ona została z naruszeniem prawa albowiem nie ustosunkowano się do kwestionowanego obowiązku podatkowego w zakresie podatku od towarów i usług. Formułując powyższy zarzut wnoszono o uchylenie zaskarżonej decyzji. W uzasadnieniu powtórzone zostały zarzuty podnoszone w postępowaniu odwoławczym oraz przywoływano argumenty na poparcie tezy, że podatek od towarów i usług w ogóle nie powinien obciążać spółki.
Odpowiadając na skargę Izba Skarbowa w Ł. wnosiła o jej oddalenie wyjaśniając, że kwestionowanie wymiaru podatku na tym etapie postępowania jest nieuzasadnione albowiem zagadnienia wymiarowe zostały rozstrzygnięte w uprzedniej, odrębnej decyzji określającej podatek VAT należny od spółki i decyzja ta była już prawomocna, a Sąd Administracyjny nie jest żadną trzecią instancją postępowania, a rozpatrując skargę bada jedynie czy nie miało miejsca naruszenie prawa.