Zwolnienia od podatku VAT nie można wyprowadzać w drodze interpretacji przepisów lecz musi ono wynikać wprost z przepisów ustawy, bądź wydanych na jej podstawie przepisów wykonawczych. Jeśli w momencie sprzedaży budynku, sprzedający nie był jego bezpośrednim użytkownikiem, to sprzedaż ta podlegała w 1997 r. opodatkowaniu VAT stawką 7 procent. Stawkę zerową można bowiem zastosować wyłącznie do sprzedaży lokali mieszkalnych przez podatników prowadzących działalność gospodarczą w zakresie budownictwa mieszkaniowego lub usług mieszkaniowych. Skoro zatem przedmiotem sprzedaży nie były poszczególne mieszkania, lecz budynek jako całość, to nie można było zastosować stawki zerowej.
Urząd skarbowy odmówił podatnikowi dokonującemu we wrześniu 1997 r. sprzedaży zakładowego budynku mieszkalnego zwrotu opłaty skarbowej przyjmując, że sprzedaż budynku mieszkalnego, jako sprzedaż towaru używanego korzystała ze zwolnienia na podstawie przepisu art. 7 ust. 1 pkt. 5 ustawy o podatku od towarów i usług, wobec czego opłata skarbowa została pobrana zależnie.
Odwołując się od decyzji odmawiającej zwrotu opłaty skarbowej od sprzedaży zakładowego budynku mieszkalnego podatnik wyjaśnił, że do czasu sprzedaży tego budynku, nabytego w 1961 r., był jego administratorem, świadczącym usługi wynajmu lokali mieszkalnych na rzecz lokatorów. Podatnik podniósł, że zgodnie z interpretacją GUS, administrowanie lokalami mieści się w zakresie usług mieszkaniowych. Zdaniem podatnika sprzedaż budynku mieszkalnego podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług i winna być zastosowana stawka "0" procent. Ponieważ sprzedaż podlegała opodatkowaniu podatkiem VAT, przeto zwolniona była z opłaty skarbowej.
Izba skarbowa rozpatrując odwołanie od odmowy zwrotu opłaty skarbowej uznała, że decydującym w sprawie jest, czy czynność sprzedaży budynku podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, czy też była zwolniona od tego podatku. W ocenie organu odwoławczego, zwolnienie od podatku określone w art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług, w brzmieniu obowiązującym od 1 kwietnia 1997 r. nie ma zastosowania do sprzedającego towary będące przedmiotem umowy najmu, dzierżawy bądź innych umów o podobnym charakterze. W tym przypadku sprzedający nie jest użytkownikiem sprzedawanych towarów, bowiem nie on faktycznie korzysta z towaru. Jeśli wszystkie lokale znajdujące się w przedmiotowym budynku były wynajmowane przez podatnika na rzecz innych osób, to sprzedaż budynku nie będzie sprzedażą zwolnioną od VAT, albowiem nie nastąpiła sprzedaż towaru przez jego użytkownika. Izba wyjaśniła też, że nie można było zastosować stawki VAT "0" procent, bowiem stawkę tę stosuje się do sprzedaży lokali mieszkalnych przez podmioty prowadzące działalność gospodarczą w zakresie budownictwa mieszkaniowego lub usług mieszkaniowych. W przedmiotowej sprawie sprzedaż dotyczyła budynku, a nie lokalu mieszkalnego i dlatego stosowanie uregulowania zawartego w par. 68 ust. 1 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 1995 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, jest niedopuszczalne.
Do sprzedaży budynku mieszkalnego należało zastosować stawkę 7 procent przewidzianą w art. 51 ust. 1 pkt 2 lit. "c" ustawy o VAT, jako sprzedaż obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części. W związku z powyższym izba skarbowa uchyliła decyzję urzędu skarbowego odmawiającą zwrotu opłaty skarbowej i orzekła odmiennie, tj. zwrot opłaty skarbowej od sprzedaży budynku mieszkalnego. W zakresie podatku od towarów i usług przekazana sprawę do odrębnego postępowania.