Przepis par. 63 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /Dz.U. nr 136 poz. 705 ze zm./ wiąże zwolnienie od opłaty skarbowej z pojęciem gospodarstwa rolnego, a nie nieruchomości rolnej.
Skarga został wywiedziona na tle następujących zdarzeń.
Aktem notarialnym z 16 listopada 1999 r. skarżący J. M. nabył /z dorobku z żoną G./ niezabudowaną nieruchomość rolną o powierzchni 1 ha 720 m2, położoną we wsi R., gmina S. J. wskazując w umowie, że działkę nabywa na prowadzenie działalności rolniczej /par. 4 zd. drugie aktu notarialnego/. Tytułem opłaty skarbowej notariusz pobrał 5 procent od ceny nabycia /33.000 zł/, tj. kwotę 1.650 zł, powołując się na par. 58 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /par. 11 aktu notarialnego/. Wnioskiem z 2 grudnia 1999 r. J. M. wystąpił do organu podatkowego o zwrot nienależnie pobranej opłaty skarbowej podnosząc, że nie obowiązuje obowiązek jej uiszczenia przy nabywaniu działek użytkowanych rolniczo, a taka jest nabyta przez niego nieruchomość.
Pierwszy Urząd Skarbowy w B., któremu sprawa według właściwości miejscowej, wyznaczonej siedzibą płatnika, została przekazana do ponownego rozpatrzenia, decyzją z 20 maja 2000 r., powołując się na art. 79 par. 1 i art. 80 par. 1 pkt 1 lit. "a" oraz 207 ustawy "Ordynacja podatkowa" nie stwierdził powstania nadpłaty w opłacie skarbowej i odmówił jej zwrotu. Organ podał, iż z materiałów zgromadzonych w sprawie nie wynika, aby nabywca nieruchomości posiadał gospodarstwo rolne. Zgodnie zaś z par. 63 pkt 2 lit. "a" rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie opłaty skarbowej, zwalnia się z opłaty skarbowej przeniesienia własności nieruchomości, z wyjątkiem budynków mieszkalnych lub ich części znajdujących się na obszarze miast, między innymi w drodze umowy sprzedaży pod warunkiem, że nieruchomość wejdzie w skład gospodarstwa rolnego nabywcy. Definicja gospodarstwa rolnego do celu opłaty skarbowej została sformułowana w art. 55[3] Kodeksu cywilnego, którego treść organ przytoczył w uzasadnieniu i stwierdził w konkluzji, że nadpłata nie wystąpiła.
W odwołaniu od tej decyzji J. M. wniósł jej uchylenie i uwzględnienie wniosku. Podniósł, że Pierwszy Urząd Skarbowy w B. błędnie interpretuje przepisy rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie opłaty skarbowej, ponieważ rozporządzenie to nie warunkuje zwolnienia z opłaty od wcześniejszego posiadania gospodarstwa rolnego przez nabywcę nieruchomości rolniczej. Zdaniem skarżącego, taka interpretacja prowadziłaby do stwierdzenia, że nigdy nie powstanie nowe gospodarstwo rolne bez wniesienia opłat skarbowych za czynności, które w swej istocie są zwolnione z tych opłat. Nabyta nieruchomość jest nieruchomością rolną i położona jest na obszarze wiejskim. Jej położenie i powierzchnia daje pełne podstawy do tego, że będzie stanowiła gospodarstwo rolne nabywcy np. z przeznaczeniem za hodowlę koni. Podkreślił, że nabyta nieruchomość nie może być wykorzystana do innych celów niż rolnicza i w pełni odpowiada cechom gospodarstwa rolnego określonym w definicji z art. 55[3] Kodeksu cywilnego.
Decyzją z dnia 7 czerwca 2000 r. Izba Skarbowa w B. orzekła o utrzymaniu w mocy decyzji pierwszoinstancyjnej. Izba Skarbowa przytoczyła treść par. 63 pkt 2 lit. "a" rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie opłaty skarbowej oraz art. 55[3] Kodeksu cywilnego i stwierdziła, że nabycie spornej niezabudowanej nieruchomości rolnej o powierzchni 1 ha 720 m2, nie wypełnia dyspozycji przytoczonych przepisów. Grunt rolny jest tylko jednym z niezbędnych składników gospodarstwa rolnego i nie jest z gospodarstwem tożsamym. Rozróżnienie to wprowadza kodeks cywilny, który w art. 46[1] definiuje nieruchomość rolną. Miejsce położenia nieruchomości i jej przeznaczenie w planach zagospodarowania przestrzennego przesądza tylko o jej charakterze rolnym. Okoliczność, że na nabytej nieruchomości może strona prowadzić działalność rolniczą np. hodowlę koni wskazuje tylko, że nabywa nieruchomość jest nieruchomością rolną. Stąd brak podstaw do zwolnienia od opłaty skarbowej nabycia przez skarżącego spornej nieruchomości rolnej.