Niezastosowanie przez organ podatkowy urzędowej wykładni prawa, dokonanej przez Ministerstwo Finansów, podanej do publicznej wiadomości w formie komunikatu prasowego, zawierającym uściślenie w postaci kierunków działań organów podatkowych w sprawach znajdujących się na różnych etapach, oznacza rażące naruszenie przez organ podatkowy zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie obywateli do prawa, a zawartej w dyspozycji art. 121 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Organy podatkowe zobowiązane są bowiem prowadzić sprawę w taki sposób, aby pogłębiać zaufanie podatnika do organów państwa oraz świadomość i kulturę prawną podatników.
Urząd Skarbowy w R. decyzją z dnia 28 marca 2002 r., kierując się m.in. dyspozycją art. 79 par. 2 Ordynacji podatkowej, odmówił podatniczce Elżbiecie M. stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług. W uzasadnieniu wskazano, że podatniczka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług w zw. z wydaną w dniu 28 grudnia 2001 r. decyzją Inspektora Kontroli Skarbowej, określającej wysokość zaległości w tym podatku za miesiąc marzec 1999 r. wraz z odsetkami za zwłokę. Podatniczka należność wynikającą z tej decyzji uiściła. Zasadność wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatniczka uzasadniła treścią wydanego przez Ministra Finansów komunikatu z dnia 2 stycznia 2002 r., wyjaśniającym sporną kwestię możliwości pomniejszenia podatku należnego o podatek naliczony przy zakupie samochodu osobowego przerobionego następnie na ciężarowy. Organ I instancji podkreślił, że zgodnie z art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "a" i "b" oraz pkt 2 Ordynacji podatkowej, stwierdzenia nadpłaty można żądać, gdy w złożonej deklaracji została wykazana kwota wyższa od należnej i kwota ta została wpłacona na rachunek organu podatkowego. W takiej sytuacji podatnik domagając się stwierdzenia nadpłaty obowiązany jest dołączyć do wniosku skorygowaną deklarację podatkową. W załączonej do wniosku skorygowanej deklaracji VAT-7 za miesiąc marzec 1999 r. podatniczka nie wykazała kwoty wyższej od należnej, gdyż załączona deklaracja nie jest korektą, która pomniejszałaby zobowiązanie podatniczki i w efekcie prowadziłaby do powstania nadpłaty, lecz deklaracja ta jest taką samą, w niezmienionej wersji jak w pierwotnie złożonej w dniu 26 kwietnia 1999 r. W związku z tym, zdaniem organu I instancji, nie zachodzi żadna z przesłanek pozytywnych przewidzianych w art. 79 Ordynacji podatkowej i z tej przyczyny brak jest podstaw do stwierdzenia nadpłaty.
Od decyzji tej podatniczka złożyła odwołanie wskazując, jak we wniosku, na treść komunikatu Ministra Finansów. Jej zdaniem, również w sytuacji, gdy zapłata podatku od towarów i usług nastąpiła w wykonaniu ostatecznej decyzji podatkowej, wobec zmiany stanowiska Ministra Finansów w zakresie samochodów zakupionych przed dniem 1 stycznia 2001 r., to i w takich sprawach ma zastosowanie art. 79 Ordynacji podatkowej; odmienne stanowisko organu podatkowego narusza zasadę zaufania podatnika do organów podatkowych.
Izba Skarbowa w B. utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu wskazano, że cyt.: (...) instytucja nadpłaty nie znajduje zastosowania we wszystkich wypadkach powstania nadpłaty w rozumieniu Ordynacji podatkowej. Przyczyną jej powstania musi być bowiem jedno ze zdarzeń określonych w art. 79 Ordynacji podatkowej. Zdaniem organu odwoławczego, poza sporem jest fakt uiszczenia podatku od towarów i usług przez podatniczkę, czym wykonano decyzję podatkową wydaną na podstawie art. 21 par. 3 Ordynacji podatkowej określającej wysokość zaległości podatkowej. Żądanie podatniczki nie zostało zatem oparte na przesłance przewidzianej w art. 79 Ordynacji podatkowej. Prowadzone postępowanie nie jest też sprzeczne z zasadą wyrażoną w art. 121 Ordynacji podatkowej. Wbrew przekonaniu podatniczki, zdaniem Izby Skarbowej, wytyczne Ministerstwa Finansów nie zawierały żadnych zaleceń co do sposobu postępowania organów podatkowych w sprawach, które zostały zakończone decyzją ostateczną, a podatnik uiścił wynikające z niej zobowiązanie. Tym samym nie mogły wskazywać trybu stwierdzenia nadpłaty, jako właściwego dla tego typu spraw. Wytyczne te zalecały jedynie umorzenie zaległości określonej decyzją ostateczną, jeżeli nie została ona zapłacona, o ile zostaną spełnione przesłanki art. 67 Ordynacji podatkowej. O możliwości złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty organy podatkowe miały natomiast tych podatników, którzy skorygowali deklaracje VAT-7 poprzez zmniejszenie podatku naliczonego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia samochodu. W ocenie organu odwoławczego, wniosek podatniczki nie może zostać uwzględniony, bowiem instytucja stwierdzenia nadpłaty może mieć zastosowanie jedynie do podatków powstających z mocy prawa, w stosunku do których nie wydano decyzji określającej wysokość zaległości podatkowej. W przypadku gdy decyzja taka została wydana i ma ona charakter ostateczny, podatnicy nie zgadzający się z dokonanym wymiarem mogą żądać jej wzruszenia przy zastosowaniu jednego z trybów nadzwyczajnych przewidzianych w Ordynacji podatkowej.