Potrącenie wzajemnej wierzytelności podatnika z wierzytelnością, na którą została wystawiona faktura, określająca kwotę podatku naliczonego, odpowiada wymaganiom art. 21 ust. 6a pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi "S." - spółki z o.o. w B. na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 6 września 2002 r. w przedmiocie odmowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za kwiecień 2002 r. i na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 pkt 1 oraz art. 55 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ uchylił zaskarżoną decyzję, (...).
Izba Skarbowa w B. decyzją z dnia 6 września 2002 r. (...), po rozpoznaniu odwołania "S." Sp. z o.o., utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w B. z dnia 24 czerwca 2002 r. (...) o odmowie dokonania w terminie 25 dni zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za miesiąc kwiecień 2002 r. w wysokości 233.754 zł.
W uzasadnieniu decyzji wskazano m.in., że w dniu 24 maja 2002 r. Spółka złożyła w Urzędzie Skarbowym w B. deklarację podatkową VAT-7 za miesiąc kwiecień 2002 r., w której wykazano do zwrotu nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 233.754 zł. Wraz z deklaracją złożono wniosek o dokonanie w terminie 25 dni zwrotu podatku wynikającego z zapłaconych faktur VAT w wyżej wymienionej wysokości, przywołując jako podstawę prawną żądania art. 21 ust. 6a ustawy o podatku od towarów i usług.
Urząd Skarbowy w B. decyzją z dnia 24 czerwca 2002 r. odmówił zwrotu żądanej kwoty podatku w 25-dniowym terminie powołując się na znowelizowany zapis art. 21 ust. 6a cyt. ustawy, uzależniający prawo do uzyskania zwrotu w tym trybie od faktu zapłaty całości należności wynikających z faktur wykazywanych w deklaracji rozliczeniowej VAT-7 po stronie zakupów. W trakcie kontroli ustalono, że firma dokonała kompensaty części należności w wysokości 4.806,33 zł wynikającej z faktury z dnia 18 marca 2002 r. wystawionej przez "C. P." Sp. z o.o.
Izba Skarbowa podniosła, że od 26 marca 2002 r. nowelizacja ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym spowodowała, że w odróżnieniu od wcześniejszych unormowań, decydujące znaczenie dla terminu realizacji zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym mają termin i forma uiszczenia przez podatnika należności wynikających z faktury VAT ujętych w deklaracji rozliczeniowej po stronie zakupów.
Zgodnie z brzmieniem art. 21 ust. 6a cyt. ustawy podatnik może otrzymać zwrot podatku na rachunek bankowy w dwóch terminach: w ciągu 60 dni od złożenia deklaracji VAT-7 lub - na wniosek podatnika - w ciągu 25 dni. Pierwszy z wymienionych terminów wymaga wyłącznie złożenia deklaracji VAT-7 w ustawowym terminie tj. do dnia 25 miesiąca następującego po tym, w którym powstał obowiązek podatkowy, z prawidłowo wykazaną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym przeznaczoną do zwrotu na rachunek bankowy. Realizacja zwrotu w przyspieszonym, 25-dniowym terminie następuje natomiast na wniosek podatnika wyłącznie w sytuacji, gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji wynikają z:
- faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury, z uwzględnieniem przepisów art. 13 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 19 listopada 1999 r. - Prawo działalności gospodarczej /Dz.U. nr 101 poz. 1178 ze zm./
- dokumentów celnych oraz decyzji, o których mowa w art. 11c i zostały przez podatnika zapłacone.