Decyzja kasacyjna, przekazująca sprawę do ponownego rozpatrzenia, nie może być uznana za decyzję wydaną na niekorzyść strony, skoro nie zawiera rozstrzygnięcia merytorycznego.
Decyzją z dnia 5 czerwca 2003 r., na podstawie art. 15 ust. 1, 4 i 6, art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "b" i pkt 48 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ w brzmieniu obowiązującym w 1997 r. uwzględniając przepisy par. 2 ust. 6-8 i par. 6a ust. 1-2 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 25 stycznia 1994 r. w sprawie odliczeń od dochodu wydatków inwestycyjnych oraz obniżek podatku dochodowego /Dz.U. 1996 nr 39 poz. 171/ oraz art. 233 par. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, Izba Skarbowa w B. po rozpatrzeniu odwołania Spółka z o.o. w T. od decyzji Trzeciego Urzędu Skarbowego w T. z dnia 28.04.2003 r. stwierdzającej istnienie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 1997 r. w kwocie 690.886 zł i odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w tym podatku w kwocie 75.662 zł - decyzję organu pierwszej instancji uchyliła w całości i przekazała sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.
W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy wskazał, że Spółka C. pismem z dnia 4.03.2003 r. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 1997 r. w kwocie 766.548 zł, załączając do wniosku korektę zeznania CIT-8 za 1997 r. oraz wyliczenia wysokości nadpłaty, wskazując osiem rodzajów kosztów i wydatków podwyższających koszty uzyskania przychodów za 1997 r. W uzasadnieniu wniosku powołano ustalenia decyzji Izby Skarbowej w B. dnia 23.12.2002 r. dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych za 1997 r. określonego dla Spółki.
Po zebraniu dowodów i odebraniu wyjaśnień od Spółki dotyczących wydatku na rzecz S., Urząd Skarbowy stwierdził decyzją z 28.04.2003 r. istnienie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 1997 r. w kwocie 690.886 zł i odmówił stwierdzenia nadpłaty pozostałej wnioskowanej przez Spółkę kwoty 75.662 zł z uwagi na brak dowodu potwierdzającego, że Spółka była stroną operacji gospodarczej udokumentowanej rachunkiem wystawionym przez ww. firmę.
W odwołaniu od tej decyzji, Spółka podniosła, iż skontrolowana przez organy podatkowe dokumentacja jest wystarczająca do stwierdzenia, że wydatek poniesiony na podstawie obcego dowodu stanowił koszt uzyskania dochodu. Wadliwość jednego dokumentu, z kilku dotyczących spornej kwestii, nie może przekreślać wiarygodności pozostałych.
W postępowaniu odwoławczym z uwagi na uzasadnienie wniosku, jak i odwołania przez Spółkę, wynikami czynności kontrolnych przeprowadzonych w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 1996 r., organ odwoławczy poddał szczegółowej analizie oceny prawne określonych zaległości mających miejsce w 1996 r. zawarte w wyroku NSA z dnia 27 lutego 2002 r., I SA/Gd 574/00, decyzji Izby Skarbowej w B. z 13.05.2002 r. dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych za 1996 r., decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. z 12.11.2002 r. określającej Spółce podatek dochodowy od osób prawnych za 1996 r. oraz decyzji Izby Skarbowej w B. z dnia 23.11.2002 r. uchylającą w części ww. decyzję organu kontroli skarbowej i określającej należny podatek dochodowy od osób prawnych za 1996 r. Analiza wskazanych dokumentów zdaniem Izby Skarbowej uzasadnia bezpośrednie zwiększenie kosztów uzyskania przychodów za 1997 r. o kwotę 1.099.593,95 zł, którą stanowi suma kwot z tytułu odpisu amortyzacyjnego od zlikwidowanej na potrzeby inwestycji kotłowni, wydatki na sponsorowanie, odpisy amortyzacyjne od wartości ulepszeń dokonanych w 1996 r., nabycia w celach reklamowych kalendarzy oraz wydatków na filmy wykorzystywane w celach reklamowych.