Wynika dalej z uzasadnienia omawianej decyzji organu kontroli skarbowej, że pomimo formalnej zgodności ewidencji i dokumentów spółki oraz składanych przez nią deklaracji VAT-7, prowadzący kontrolę inspektor podjął czynności mające na celu zweryfikowanie ich rzetelności. W tym celu zwrócono się do Urzędu Kontroli Skarbowej w G. o przeprowadzenie kontroli skarbowej w Przedsiębiorstwie Handlowo-Usługowym GE. należącym do Janusza S., będącego - jak wynikało to z faktur - jedynym dostawcą metali i kamieni szlachetnych dla spółki G. Kontrola skarbowa w firmie GE. wykazała, że nie dysponuje ona kompletną dokumentacją księgową za 1999 r., do kontroli nie zostały bowiem przedłożone ewidencje podatku naliczonego za tenże rok. Wśród dostarczonych do Kontroli dokumentów i ewidencji firmy GE. znajdowało się natomiast m.in. 80 faktur zakupu kamieni i metali szlachetnych z okresu od 2 sierpnia do 17 grudnia 1999 r. wystawionych przez Przedsiębiorstwo Handlowo-Usługowe "BE.", należące do Czesława S. z G.
Wynikający z tych faktur obrót brutto wyniósł ponad 31,5 milionów złotych. W związku z takim ustaleniem przeprowadzono także kontrolę skarbową w przedsiębiorstwie "BE.". W wyniku podjętych czynności kontrolnych stwierdzono, że kontrolowany podmiot nie posiada żadnych dokumentów księgowych. Według wyjaśnień właściciela przedsiębiorstwa, dokumenty księgowe zostały przezeń utracone w wyniku napadu rabunkowego dokonanego na jego osobie w dniu 22 grudnia 1999 r. w Mławie, w którym to napadzie poszkodowanym był także Janusz S. właściciel firmy GE. Wezwany do odtworzenia utraconych dokumentów Czesław S. nie dostarczył jednak żadnych odtworzonych dokumentów, ujawnił jedynie w trakcie przesłuchania, że głównym jego dostawcą metali i kamieni szlachetnych /około 70-90 procent obrotu/ była P. Spółka Handlowa - Spółka z o.o. z siedzibą w S., transakcje z którą dokonywane były niekiedy w obecności osób trzecich, nazwisk których jednak nie ujawnił. W związku z prawną niemożliwością przeprowadzenia kontroli skarbowej w Spółce wskazanej przez Czesława S. jako jego główny dostawca, jedyny jej udziałowiec i jednocześnie prezes jednoosobowego zarządu zmarł bowiem w maju 2000 r., przesłuchano w charakterze świadka osobę sprawującą w Spółce funkcję księgowej i w oparciu o jej zeznania ustalono, że Spółka zajmowała się wyłącznie działalnością w branży budowlanej i że sporządzając dokumenty księgowe Spółki osoba ta nigdy nie zetknęła się z obrotem towarami w postaci metali i kamieni szlachetnych. Ustalono też, że ww. Spółka nigdy nie zwracała się do właściwych w tej mierze organów państwowych z wnioskiem o uzyskanie koncesji uprawniającej do prowadzenia działalności w zakresie przetwórstwa i obrotu metalami szlachetnymi.
Z uzasadnienia omawianej decyzji organu kontroli skarbowej wynika dalej, że w trakcie kontroli w Przedsiębiorstwie Handlowo-Usługowym GE., należącym do Janusza S., ujawniono okoliczności podważające wiarygodność dokumentów stwierdzających zawieranie transakcji z firmami BE. i GT. Stwierdzono, że Janusz S. nagminnie uchybiał obowiązkom ewidencyjnym, nie powiadamiając organów gminnych i podatkowych o faktycznym miejscu prowadzenia działalności gospodarczej. Na fakturach dokumentujących sprzedaż na rzecz firmy GT wskazywał on siedzibę swej firmy w W. pod określonym adresem. Do Urzędu Skarbowego W. składał on deklaracje dla podatku od towarów i usług VAT-7, czyniąc to bez uprzedniego zawiadomienia tegoż Urzędu w sposób przewidziany prawem o podjęciu na jego terenie działalności gospodarczej. Nie złożył on bowiem ani informacji NIP-2, ani informacji na druku VAT-R.