Brak jest prostej zależności między stwierdzeniem niekonstytucyjności zakwestionowanych przepisów w zakresie, w jakim pomijają określone regulacje, a powstaniem po stronie podatnika prawa żądania zwrotu zapłaconego podatku VAT.
Prowadzący zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej po 1 stycznia 2000 r. na podstawie art. 14a ust. 1 ustawy o VAT, ma prawo w zakresie działalności tego zakładu do otrzymania częściowego lub całkowitego zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług w kwocie nie większej niż kwota stanowiąca iloczyn liczby osób niepełnosprawnych - w podziale na stopnie niepełnosprawności - zatrudnionych w zakładzie pracy chronionej lub zakładzie aktywności zawodowej w przeliczeniu na pełny wymiar czasu pracy oraz odpowiednio trzykrotności przy znacznym stopniu niepełnosprawności, dwukrotności - przy umiarkowanym stopniu niepełnosprawności, jednokrotności przy lekkim stopniu niepełnosprawności, najniższego wynagrodzenia.
Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. K 45/01 orzekł, że art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 95 poz. 1100/ w zakresie w jakim zmienia zasady wyliczenia kwot podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładu pracy chronionej, przed upływem trzyletniego okresu, przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnienia osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r. /Dz.U. nr 123 poz. 776 ze zm./ jest niezgodny z ochroną praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej, w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów rozpoczęli realizację długofalowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w tych zakładach.
Powyższy wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. /K 45/01/ nie spowodował utraty mocy prawnej art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym wobec żadnego z podmiotów gospodarczych będących zakładami pracy chronionej. Na tle art. 190 ust. 1 Konstytucji RP z dnia 2 kwietnia 1997 r. nie ma wątpliwości, że skutkiem orzeczenia stwierdzającego niekonstytucyjność zaskarżonego przepisu w zakresie, w jakim pomija określone regulacje, jest wynikający z Konstytucji, obowiązek ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych dla realizacji norm konstytucyjnych /zasada ochrony praw nabytych i przedsięwzięć bądź sytuacji prawnych o charakterze "otwartym", takim, które nie znalazły jeszcze swojego zakończenia - interesy w toku, stosunki w toku/. Już w orzeczeniu z dnia 3 grudnia 1996 r. /wydanym przed wejściem w życie Konstytucji RP/, Trybunał Konstytucyjny wyraził pogląd, że konsekwencją takiego typu orzeczenia jest obowiązek uzupełnienia aktu normatywnego o odpowiedni fragment niezbędny z punktu widzenia jego zgodności z Konstytucją /por. orzeczenie TK z dnia 3 marca 1996 r., K 25/95 - OTK 1996 nr 6 poz. 52, glosa aprobująca: M. Niedośpiał - Państwo i Prawo 1997 nr 9 str. 106/.