Wskazując na zasadę pierwszeństwa prawa UE przed prawem krajowym podniesiono, że pominięcie etapu decyzji środowiskowej, a w jej ramach oceny środowiskowej inwestycji, w jest naruszeniem dyrektywy 2011/92/UE z dnia 13 grudnia 2011 r. w sprawie oceny skutków wywieranych przez niektóre przedsięwzięcia publiczne i prywatne na środowisko (Dz.Urz.UE z 2012 r. L 26/1). Decyzja taka - w ocenie odwołującego się - powinna zostać wydana bowiem nie sposób zaprzeczyć, że planowana budowla regulacyjna ma za zadanie chronić brzegi rzeki przed skutkami powodzi (erozją) i należy do kategorii "prac przeciwpowodziowych'', a w konsekwencji jest inwestycją mogącą znacząco oddziaływać na środowisko. W wyroku z 24 października 1996 r. w sprawie C-72/95 Kraaijeveld TSUE stwierdził, iż "wyrażenie «prace kanalizacyjne i przeciwpowodziowe» zawarte w pkt 10 lii. f) załącznika II do dyrektywy 85/337 (poprzednia wersja ww. dyrektywy) - w ocenie odwołującego się - należy interpretować jako obejmujące prace związane z retencją wody i prace zapobiegające powodziom, a zatem również budowę walów wzdłuż dróg żeglownych. Jeśli prace te związane są ze stałym naruszeniem składu gleby, fauny i flory lub krajobrazu, będą one prawdopodobnie znacząco oddziaływać na środowisko w rozumieniu dyrektywy". ETS w wyroku tym podkreślił także, że cel i zakres dyrektywy należy interpretować szeroko, tak aby żadne przedsięwzięcie mogące znacząco oddziaływać na środowisko nie umknęło wymaganej ocenie co do jego skutków (pkt 3 1 i 39 wyroku). W świetle takiego orzecznictwa UE, sporne przedsięwzięcie - budowa liniowych sztucznych umocnień brzegów koryta rzeki [...] w postaci opaski z narzutu kamiennego, będącej budowlą regulacyjną służącą ochronie przeciwpowodziowej i zabezpieczeniu brzegów przed skutkami powodzi, podlega dyrektywie, i w konsekwencji wymaga zgodnie z polskim prawem decyzji środowiskowej.
Ponadto wskazano, że definicję regulacji wód z art. 67 ust. 2 Prawa wodnego należy stosować tutaj posiłkowom, a zastosowanie ma dyrektywa.
6. Zaskarżoną decyzją z [...] sierpnia 2013 r. nr [...] Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska uchylił w całości decyzję Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w [...] z [...] maja 2013 r. i odmówił ustalenia warunków prowadzenia prac na terenach cennych przyrodniczo. Organ odwoławczy wskazał, że Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w [...] do wniosku o wydanie zaskarżonej decyzji dołączył decyzję Wójta Gminy O. z [...] lutego 2013 r. nr [...], odmawiającą wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach dla przedmiotowej decyzji, natomiast zgodnie z art. 72 ust. 1 pkt 7 ustawy z 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku, przed wydaniem decyzji z art. 118 ustawy o ochronie przyrody inwestor jest zobowiązany uzyskać decyzję o środowiskowych uwarunkowaniach. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska zasadniczo podzielił stanowisko wyrażone w odwołaniu. Mając powyższe na uwadze Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska wywodził, że odmowa wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach uniemożliwia wydanie decyzji z art. 118 ustawy o ochronie przyrody w przedmiotowej sprawie.