Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Katarzyna Golat (spr.), Sędziowie sędzia WSA Anna Szymańska, sędzia WSA Wanda Zielińska-Baran, Protokolant ref. staż. Paweł Smulski, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 listopada 2014 r. sprawy ze skargi P. Sp. z o.o. z siedzibą w G. na decyzję Głównego Lekarza Weterynarii z dnia [...] lipca 2014 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty oddala skargę
P. sp. z o.o. z siedzibą w G. (wskazywana dalej jako "skarżąca") pismem z [...] lipca 2011 r. zwróciła się z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w zakresie opłat uiszczonych za przeprowadzenie weterynaryjnej kontroli granicznej wskazanych w załączniku do wniosku w wysokości przewyższającej opłatę, o której mowa w § 7 ust. 2 rozporządzenia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 15 grudnia 2006 r. w sprawie sposobu ustalania i wysokości opłat za czynności wykonywane przez Inspekcję Weterynaryjną, sposobu i miejsc pobierania tych opłat oraz sposobu przekazywania informacji w tym zakresie Komisji Europejskiej o zwrot tej nadpłaty na wskazany przez stronę rachunek bankowy. Zdaniem skarżącej nadpłata wynikała z niezasadnego pobrania pełnej opłaty za przeprowadzenie weterynaryjnej kontroli granicznej przywożonych przez nią produktów, przeznaczonych do składów celnych, podczas gdy Graniczny Lekarz Weterynarii w [...] powinien zastosować opłatę wynikającą z ww. przepisu, tj. 40 % wysokości opłaty.
Graniczny Lekarz Weterynarii w G. decyzją z [...] sierpnia 2011 r. nr [...] odmówił stwierdzenia nadpłaty należności z tytułu opłat za przeprowadzenie weterynaryjnej kontroli granicznej od [...] sierpnia 2007 r. do [...] sierpnia 2009 r.
W wyniku rozpatrzenia odwołania skarżącej, Główny Lekarz Weterynarii, decyzją z [...] listopada 2011 r. nr [...], utrzymał w mocy ww. decyzję Granicznego Lekarza Weterynarii w G. z [...] sierpnia 2011 r.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 21 marca 2012 r. sygn. akt IV SA/Wa 76/12 oddalił skargę skarżącej na powyższą decyzję Głównego Lekarza Weterynarii z [...] listopada 2011 r.
Wyrokiem z 16 stycznia 2014 r. sygn. akt II OSK 1935/12 Naczelny Sąd Administracyjny uchylił powyższy wyrok z 21 marca 2012 r. oraz zaskarżoną decyzję Głównego Lekarza Weterynarii, jak również decyzję Granicznego Lekarza Weterynarii w [...] z [...] sierpnia 2011 r. W uzasadnieniu wyroku Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że w okolicznościach niniejszej sprawy wykładnia § 7 ust. 2 rozporządzenia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 15 grudnia 2006 r. powinna prowadzić do zastosowania jednakowej opłaty zarówno do tranzytu bezpośredniego, jak i pośredniego, a więc wraz z wprowadzeniem do składu celnego, przed ostatecznym wywiezieniem. Sąd podkreślił, że fakt wskazania przez skarżącą w świadectwie CVED przeznaczenia celnego przesyłki jako skład celny w połączeniu z jej ostatecznym wywiezieniem poza granice Unii Europejskiej nie wyklucza możliwości nadania przesyłce charakteru przesyłki objętej tranzytem o charakterze pośrednim, połączonym z czasowym przechowywaniem w składzie celnym.
Wobec wydania przez Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie ww. wyroku Graniczny Lekarz Weterynarii w G., rozpatrując wniosek skarżącej z [...] lipca 2011 r., wydał [...] maja 2014 r. decyzję nr [...], w której stwierdził nadpłatę opłaty pobranej w okresie od [...] sierpnia 2007 r. do [...] sierpnia 2009 r. za czynności weterynaryjnej kontroli granicznej w kwocie 54 151,34 złotych wraz z odsetkami w wysokości równej stawce odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych należnymi od dnia złożenia wniosku.