4. Negatywny wpływ inwestycji w wariancie wskazanym do realizacji na stan siedlisk gatunków traszki grzebieniastej (Tritums cristatus), kumaka nizinnego (Bombina bombina), różanki (Rhodeus sericeus amaruś), piskorza (Misgurnus fossilis) oraz na starorzecze leżące na północ od planowanej trasy.
5. Budowę dodatkowej bariery mostowej oraz drogi dojazdowej w sąsiedztwie istniejącej przeprawy mostowej, która ograniczy możliwość przemieszczenia się zwierząt, m.in. nietoperzy, saren i dzików.
6. Negatywny wpływ inwestycji w tym budowy przeprawy mostowej na rzekę B. i stosunki wodne.
7. Zastosowanie przez autorów raportu nieodpowiednich metod analizy danych, niezrozumienie wyników analizy statystycznej oraz niewłaściwą interpretację danych przyrodniczych, co prowadziło do niewłaściwych wniosków odnośnie do wpływu inwestycji.
8. Niewłaściwe przeprowadzenie analiz akustycznych w raporcie o oddziaływaniu przedsięwzięcia na środowisko.
9. Brak w materiale dowodowym podstaw do prawidłowej oceny znaczenia dla nietoperza odciętego przez przeprawę fragmentu obszaru Natura 2000. Odwołujący się zwrócił uwagę na fakt, że monitoring ptaków, nietoperzy i ssaków ziemnowodnych (wydry i bobra) przeprowadzony został jedynie dla wariantu inwestycyjnego. W jego ocenie wyniki tych badań dowodzą, że przedmiotowy fragment doliny B. jest ważnym siedliskiem i korytarzem migracyjnym dla nietoperzy.
10. Wskazanie niewłaściwego terminu na planowaną wycinkę drzew (okres sierpień - październik), czyli w okresie migracji i godów nietoperzy, ponadto wskazanie, że mopek nie będzie w stanie przelecieć powyżej przeprawy, co spowoduje utratę żerowisk i schronień w lasach poniżej estakady.
11. Niewykazanie miejsc zimowania nietoperzy oraz sposobu, w jaki wpłynie na nie budowa nowej przeprawy mostowej.
12. Spowodowanie przez wycinkę drzew rosnących w dolinie B. zmniejszenia dogodnych dla ptaków miejsc gniazdowania, likwidacji schronienia nietoperzy i negatywnego wpływu na ich szlak migracji.
13. Przyczynienie się przez hałas emitowany na skutek poruszających się pojazdów do pogłębienia marginalizacji odciętego fragmentu obszaru Natura 2000, co wpłynie negatywnie na nietoperze i awifaunę zamieszkującą tereny sąsiadujące z inwestycją.
14. Bezpodstawne nadanie decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach rygoru natychmiastowej wykonalności.
Na skutek złożonych odwołań organ drugiej instancji przeprowadził uzupełniające postępowanie dowodowe oraz zdecydował o konieczności przeprowadzenia czynności, o których mowa w art. 33 ust. 1 oraz art. 79 ust. 1 ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko (dalej ustawy ooś), mających na celu zapewnienie udziału społeczeństwa w postępowaniu w sprawie oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko.