Mając powyższe na względzie, stwierdzić należy, że naruszenie prawa przez organ administracji publicznej polegało w niniejszej sprawie na odmowie zwrotu części opłat za wydanie karty pojazdu w oparciu o przepis rozporządzenia, który jest niezgodny z art. 92 ust. 1 i art. 217 Konstytucji oraz z art. 77 ust. 4 pkt 2 i ust. 5 p.r.d., obowiązujących w dacie pobrania opłaty. Stwierdzenie naruszenia prawa materialnego, które miało istotny wpływ na wynik sprawy powoduje, że skargę należało uwzględnić. Skutkiem tego jest uchylenie zaskarżonego aktu.
Powyższe uzasadnia obowiązek organu, który pobrał opłatę, zwrotu skarżącemu różnicy pomiędzy opłatą pobraną a należną. Pomocnym w zakresie ustalenia wysokości kwoty podlegającej zwrotowi jest przepis § 1 ust. 1 obecnie obowiązującego rozporządzenia Ministra Transportu i Budownictwa z dnia 28 marca 2006 r. (Dz. U. Nr 59, poz. 421), zgodnie z którym opłata za kartę pojazdu wynosi 75 zł. Zatem różnica pomiędzy kwotą 500 zł (opłatą uiszczoną przez skarżącego za kartę pojazdu) a kwotą 75 zł (opłatą pobieraną na podstawie rozporządzenia z 2006 r.) wynosi 425 zł. Dodatkowym argumentem przemawiającym za taką interpretacją jest też fakt, że w § 1 ust. 2 rozporządzenia z 2003 r. opłata przewidziana za wydanie wtórnika karty pojazdu wynosiła także 75 zł. Kwota w tej samej wysokości wyznaczona została też za wydanie wtórnika karty pojazdu w § 1 ust. 2 rozporządzenia z 2006 r. (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 9 grudnia 2009 r., sygn. akt I OSK 773/09, z dnia 15 lutego 2010 r., sygn. akt I OSK 842/09 )
Wobec powyższego, na podstawie art. 146 § 1 i 2 p.p.s.a., orzeczono jak w punkcie 1 i 2 sentencji wyroku. O zwrocie kosztów postępowania orzeczono w punkcie 3 sentencji wyroku na podstawie art. 200 i 205 § 1 p.p.s.a.