Tak przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego, jak i orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego nie wykluczają możliwości stwierdzenia nieważności części decyzji administracyjnej. Jednakże taka sytuacja może występować wówczas gdy w jednej decyzji organ rozstrzyga o, kilku sprawach, które mogły być przedmiotem dwóch lub więcej decyzji lub gdy stwierdzenie nieważności dotyczy tylko niektórych stron uczestniczących w postępowaniu, a nie ma zastosowania do pozostałych.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 20 kwietnia 2001 r. sprawy ze skargi (...) Spółki Węglowej S.A. w J.-Z. na decyzję Ministra Ochrony Środowiska Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 15 lutego 1999 r. (...) w przedmiocie opłat za wprowadzanie zanieczyszczeń do powietrza - uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Ministra Ochrony Środowiska Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 29.10.1996 r.
Wojewoda K. ustalił opłaty dla Kopalni Węgla Kamiennego "Z." następującymi decyzjami z dnia: 5.06.1991 r. (...), 12.09.1991 r. (...), 10.12.1991 r. (...) i 10.03.1992 r. (...) za wprowadzenie zanieczyszczeń do powietrza atmosferycznego za I, II, III i IV kwartał 1991 r. Opłaty te ustalono ze 100 procentową zwyżką stosownie do par. 12 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z 25. 06. 1990 r. w sprawie opłat za gospodarcze korzystanie ze środowiska.
Wnioskami z dnia 15.12.1995 r. (...) Spółka Węglowa, Spółka Akcyjna w J.-Z. wystąpiła o stwierdzenie nieważności powyższych czterech decyzji z uwagi na treść orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z dnia 17 grudnia 1991 r. stwierdzającego niezgodność par. 12 rozporządzenia z art. 86 ust. 3 ustawy z dnia 31 stycznia 1980 r. o ochronie i kształtowaniu środowiska. Minister Ochrony Środowiska Zasobów Naturalnych i Leśnictwa decyzją z dnia 29 października 1996 r., na podstawie art. 156 par. 1 pkt 2 Kpa stwierdził nieważność wymienionych na wstępie czterech decyzji w części dotyczącej ustalenia opłat za stuprocentową zwyżkę. Uznał, że w pozostałej części opłaty zostały ustalone prawidłowo i podał wysokość każdej z opłat objętych poszczególnymi decyzjami. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy na wniosek (...) Spółki Węglowej S.A., Minister Ochrony Środowiska Zasobów Naturalnych i Leśnictwa decyzją z dnia 15.02.1999 r. (...) utrzymał w mocy własną decyzję z 29.10.1996 r. W obu decyzjach organ administracyjny podniósł, że wobec zapadłego orzeczenia w Trybunale Konstytucyjnym, uznającego par. 12 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 25 czerwca 1990 r. /Dz.U. nr 42 poz. 245/ za niezgodny z ustawą o ochronie i kształtowaniu środowiska, należało stwierdzić nieważność tej części decyzji która dotyczyła 100 procentowej zwyżki ustalonej opłaty. Sama zaś podstawowa część opłaty została wyliczona na podstawie informacji złożonej przez stronę. Dlatego brak było podstaw do stwierdzenia nieważności przedmiotowych decyzji w pozostałej części.
Skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego złożyła Spółka Węglowa S.A., wnosząc o uchylenie zaskarżonej decyzji i umorzenie postępowania w tych sprawach w oparciu o przepis art. 86f ustawy o ochronie i kształtowaniu środowiska.
Skarżąca jednostka podniosła, że organ odwoławczy orzekający w postępowaniu o stwierdzenie nieważności, wbrew nakazom, nie rozstrzygnął sprawy co do jego meritum.
Wobec tego, że w decyzjach organu I instancji nie określono jaką część stanowi opłata podstawowa, a jaką jej zniżka, nie można wyodrębnić części decyzji bez stwierdzenia nieważności całych decyzji. Ponadto decyzje Wojewody K. wydane zostały bez podstawy prawnej, a wpływ terminu z art. 86f ust. 1 ustawy z dnia 31 stycznia 1980 r. wskazuje na konieczność umorzenia postępowania.