Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Sędziowie sędzia WSA Włodzimierz Gurba (sprawozdawca), sędzia WSA Katarzyna Owsiak, , po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 15 lutego 2019 r. sprawy ze skargi A. sp. z o.o. I. sp.k. z siedzibą w W. na przewlekłe prowadzenie postępowania przez Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w przedmiocie zwrotu podatku od towarów i usług za czerwiec 2016 r. 1) stwierdza przewlekłość postępowania podatkowego; 2) stwierdza, że przewlekłość postępowania nie miała miejsca z rażącym naruszeniem prawa; 3) zobowiązuje Naczelnika Urzędu Skarbowego W. do zakończenia postępowania podatkowego w terminie 3 miesięcy od dnia doręczenia organowi akt administracyjnych sprawy wraz z odpisem prawomocnego wyroku; 4) zasądza od Naczelnika Urzędu Skarbowego W. na rzecz A. sp. z o.o. I. sp.k. z siedzibą w W. kwotę 597 zł (słownie: pięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
A. sp. z o.o. I. sp. k. z siedzibą w W. (dalej jako "Strona", "Spółka" lub "Skarżąca") 11 października 2018 r. wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na przewlekłe prowadzenie przez Naczelnika Urzędu Skarbowego [...] postępowania w przedmiocie zwrotu podatku od towarów i usług za czerwiec 2016 r.
Okoliczności faktyczne i prawne sprawy są następujące:
1.1. Skarżąca, 25 lipca 2016 r., złożyła deklarację VAT-7 za czerwiec 2016 r., w której zadeklarowała zwrot na rachunek bankowy w terminie 60 dni w kwocie 412.146 zł. W złożonej deklaracji nadwyżka podatku naliczonego nad należnym wynika z zakupu przez Skarżącą środka trwałego o wartości netto 1.816.090 zł, VAT 417.701 zł.
1.2. Naczelnik Urzędu Skarbowego [...] w celu zbadania zasadności zwrotu wynikającego z ww. deklaracji 20 września 2016 r. wszczął kontrolę podatkową wobec Spółki w zakresie podatku od towarów i usług za czerwiec 2016 r.
1.3. W toku kontroli podatkowej organ podatkowy, postanowieniem z [...] września 2016 r. przedłużył termin zwrotu na rachunek podatnika nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zadysponowanego w korekcie deklaracji VAT-7 za czerwiec 2016 r. w kwocie 412.146 zł do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia.
W toku kontroli ustalono, iż w czerwcu 2016 r. Spółka dokonała nabycia gruntu niezabudowanego oraz bocznicy kolejowej od P. Sp. z o.o. Sp. Komandytowa (dawniej P. S.A.), udokumentowanego fakturą VAT, wystawioną na rzecz T. Sp. z o.o. (obecnie A. Sp. z o.o. Invest Sp.k.) z 6 czerwca 2016 r. W kontrolowanym okresie należność wynikająca z ww. faktury VAT nie została zapłacona. Do kontroli przedłożono umowę sprzedaży zawartą w formie aktu notarialnego z 6 czerwca 2016 r., zgodnie z którą S. P. działając w imieniu spółki pod firmą P. Sp. z o.o. reprezentującej jako jedyny komplementariusz spółkę pod firmą P. Sp. z o.o. Sp.k. oświadcza, że sprzedaje spółce pod firmą T. sp. z o.o. nieruchomość gruntową, stanowiącą działkę gruntu o numerze ewidencyjnym [...], a A. B. działająca w imieniu spółki T. Sp. z o.o. wskazaną nieruchomość kupuje. Powyższa nieruchomość gruntowa jest niezabudowana budynkami; na nieruchomości znajduje się budowla w postaci bocznicy kolejowej. Strony transakcji, tj. P. Sp. z o. o. Sp.k. z siedzibą w W. jako sprzedający oraz T. Sp. z o.o. z siedzibą w W., jako nabywca złożyły 3 czerwca 2016 r. Naczelnikowi Urzędu Skarbowego [...] oświadczenie o wyborze opodatkowania transakcji podatkiem VAT. Zgodnie z treścią złożonego oświadczenia sprzedający i nabywca, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, w związku z planowaną sprzedażą nieruchomości, rezygnują ze zwolnienia od podatku, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług i wybierają opodatkowanie podatkiem VAT sprzedaży nieruchomości gruntowej, działki o numerze ewidencyjnym [...], zlokalizowanej pod adresem ul. [...] w W.