Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Alojzy Skrodzki (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Marek Kraus, Sędzia WSA Anna Wesołowska, Protokolant Agata Próchniewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 5 czerwca 2012 r. sprawy ze skargi R. S.A. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] października 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę
Zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Skarbowej w W. działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 72 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 ze zm., dalej: O.p.) oraz art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k) i pkt 2 , art. 1 ust. 3 pkt 2, art. 3 ust. 1 pkt 2, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b) i ust. 9 pkt 1-3, art. 7 ust. 1 pkt 9 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2007 r. nr 68, poz. 450 ze zm., dalej: u.p.c.c.), utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. w sprawie odmowy R. SA stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 150.994 zł oraz odmowy naliczenia oprocentowania od ww. nadpłaty od połączenia i podwyższenia kapitału zakładowego.
Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że został złożony przez R. SA (dalej: "Strona", "Skarżąca") wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w części odpowiadającej kwocie 150.994 zł oraz o naliczenie stosownego oprocentowania od nadpłaty. Strona kwestionuje pobranie przez notariusza podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 150.994 zł od podwyższenia kapitału zakładowego w wyniku dokonanego połączenia, ponieważ w jej ocenie, regulacje u.p.c.c. są niezgodne z prawem wspólnotowym. Zdaniem Spółki organ podatkowy zobowiązany jest pominąć regulację ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych jako sprzeczną z treścią Dyrektywy Rady z dnia 17 lipca 1969 r. (69/335/EWG) dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE 1969r. L. 249 poz. 25 ze zm., dalej: Dyrektywa 69/335). W opinii Strony, jeżeli czynność podwyższenia kapitału zakładowego w wyniku wniesienia wkładu niepieniężnego w postaci przedsiębiorstwa podlegała od 1 stycznia 1976 r., a więc także w dniu 1 lipca 1984 r., stawce opodatkowania pomiędzy 0% a 0,5%, to na podstawie zmian wprowadzonych do Dyrektywy 69/335 na mocy Dyrektywy 85/303, stała się czynnością zwolnioną z opodatkowania podatkiem kapitałowym.
Spółka podniosła,że wszystkie Państwa Członkowskie były zobowiązane do bezwarunkowego wprowadzenia do swoich krajowych porządków prawnych opisanego powyżej zwolnienia z podatku kapitałowego, w tym m.in. dla czynności podwyższenia kapitału zakładowego poprzez wniesienie wkładu w postaci przedsiębiorstwa, najpóźniej do dnia wyznaczonego przez Dyrektywę z 1985 r., tj. 1 stycznia 1986 r. Także Polska przystępując do Unii Europejskiej miała obowiązek objąć zwolnieniem wszystkie transakcje, w stosunku do których prawodawca unijny przewidział w 1985 r. obowiązkowe zwolnienie. Po 1 maja 2004 r. Polska miała obowiązek stosować zwolnienie nie tylko dla transakcji, które 1 lipca 1984 r. były opodatkowane stawką nie wyższą niż 0,5% według prawa krajowego, ale również dla transakcji, dla których obowiązkowe zwolnienie ustanowiła Rada. W ocenie Spółki podwyższenie kapitału zakładowego, które zostało pokryte w całości wkładem niepieniężnym w formie przedsiębiorstwa, nie podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, a podatek pobrany przez notariusza stanowi nadpłatę w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 2 O.p.