Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Bożena Dziełak, Sędziowie Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, Sędzia WSA Jerzy Płusa (sprawozdawca), Protokolant Anna Kurdej, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 8 października 2010 r. sprawy ze skargi P. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] stycznia 2010 r. nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r. oraz określenia wysokości odsetek za zwłokę od przyjętych w prawidłowej wysokości zaliczek za podatek dochodowy od osób prawnych za poszczególne miesiące 2002 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] października 2010 r. nr [...], 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz P. Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 11.029 zł (słownie: jedenaście tysięcy dwadzieścia dziewięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Postanowieniem Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] kwietnia 2004 r. wszczęto w dniu 22 kwietnia 2004 r. postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatków za 2002 r. w P. - zwanej dalej "Spółką". Do przeprowadzenia kontroli w upoważnieniu z dnia [...] kwietnia 2004 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wyznaczył pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w B..
W wyniku przeprowadzonego postępowania kontrolnego, Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w B. w dniu [...] czerwca 2006 r. wydał decyzję, w której określił zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy 2002 w kwocie 1.043.321 zł w miejsce zeznanego w kwocie 660.505 zł, wysokość odsetek za zwłokę od przyjętych w prawidłowej wysokości zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych za poszczególne miesiące 2002 r.
Od decyzji tej Spółka złożyła odwołanie.
Dyrektor Izby Skarbowej w B. decyzją z dnia [...] listopada 2006 r. utrzymał w mocy decyzję Dyrektora UKS w B.
Na decyzję organu odwoławczego Spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w B. W skardze Spółka zakwestionowała właściwość Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej do wszczęcia postępowania kontrolnego i wydania upoważnienia do przeprowadzenia kontroli pracownikom Urzędu Kontroli Skarbowej w B.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku wyrokiem z dnia 7 maja 2007r., sygn. akt I SA/Bk 106/07, uchylił w całości zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu wyroku WSA w Białymstoku mając na uwadze, że w sprawie nie wystąpiły okoliczności wymienione w art. 9a ust. 8 i art. 10 ust. 2 pkt 7 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65, z późn. zm.), stwierdził, że Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jako organ kontroli skarbowej właściwy do działania na terenie całego kraju był uprawniony do wszczęcia postępowania kontrolnego w Spółce oraz do upoważnienia inspektora i pracowników zatrudnionych w Urzędzie Kontroli Skarbowej w B. do przeprowadzenia czynności kontrolnych w Spółce. Sąd stanął również na stanowisku, że w sprawie organem właściwym do wydania decyzji był organ, który wszczął postępowanie, tj. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, a nie Dyrektor UKS w B.
Dyrektor Izby Skarbowej w B. wniósł skargę kasacyjną od powyższego wyroku.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 7 stycznia 2009 r., sygn. akt II FSK 1232/07, uznał skargę kasacyjną za zasadną i uchylił zaskarżony wyrok w całości oraz przekazał sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Białymstoku do ponownego rozpoznania, wskazując na konieczność ustalenia, czy w sprawie wystąpiła okoliczność stwarzająca podstawę do pozbawienia decyzji mocy prawnej ze skutkiem ex tunc i w zależności od tego zastosowania właściwej sankcji prawnej. Naczelny Sąd Administracyjny uznał bowiem, iż w pierwszej instancji decyzję wydał organ niewłaściwy, a w konsekwencji w postępowaniu odwoławczym sprawę rozpoznał również organ niewłaściwy, co powoduje zgodnie z art. 145 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz.1270, z późn. zm.) - powoływanej dalej jako "P.p.s.a.", uruchomienie sankcji nieważności.