Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek, Sędziowie sędzia WSA Elżbieta Olechniewicz, sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa (sprawozdawca), Protokolant starszy referent Iwona Choińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 17 października 2014 r. sprawy ze skargi F. sp. z o.o. z siedzibą w W. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia [...] listopada 2013 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) uchyla zaskarżoną interpretację indywidualną, 2) stwierdza, że uchylona interpretacja indywidualna nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Ministra Finansów na rzecz F. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 457 zł (słownie: czterysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
I. Stan sprawy przedstawia się następująco:
1. F. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej zwana: "Spółką"), której podstawowym przedmiotem działalności jest realizacja projektów budowlanych związanych ze wznoszeniem budynków, zwróciła się do Ministra Finansów z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych (dalej zwany: "p.d.p."), przedstawiając następujący stan faktyczny:
Spółka jest od 26 marca 2009r. użytkownikiem wieczystym nieruchomości gruntowej w W., przy skrzyżowaniu ul. [...] i ul. [...], powstałej w wyniku podziału nieruchomości przy ul. [...]. Właścicielem ww. nieruchomości jest miasto W. (dalej zwany: "Miastem"). Spółka nabyła ww. nieruchomość na podstawie umowy przeniesienia prawa użytkowania wieczystego gruntu tytułem aportu na pokrycie udziałów w sp. z o.o. Celem planowanej inwestycji jest sprzedaż mieszkań i lokali użytkowych, wybudowanych na nieruchomości.
Spółka 10 czerwca 2013r. podpisała z Miastem protokół uzgodnień (dalej zwany: "Protokołem") warunków zmiany umowy o oddanie ww. nieruchomości w użytkowanie wieczyste w zakresie terminu zagospodarowania nieruchomości. Celem stron było ustalenie warunków zmiany umowy z 14 grudnia 1998r. o oddanie gruntu w użytkowanie wieczyste i sprzedaży budynków, budowli i urządzeń, którą wcześniej zmieniono 22 grudnia 2000r. w zakresie terminu zakończenia zabudowy nieruchomości. Spółka 24 czerwca 2013r. podpisała z Miastem aneks do ww. umowy z 14 grudnia 1998r. Zmiana miała służyć uzyskaniu terminu zabudowy, zaś Protokół stał się podstawą do zawarcia ww. umowy, na mocy której zmieniono termin zagospodarowania nieruchomości.
W § 6 Protokołu Spółka oświadczyła, iż w związku ze zmianą umowy użytkowania wieczystego wpłaci na rzecz Miasta dobrowolne, jednorazowe świadczenie pieniężne: 10% bieżącej wartości nieruchomości (19.765.112,40 zł) - rekompensatę za zmianę terminu zakończenia zabudowy nieruchomości na 30 września 2021r. Zmiana zasad zagospodarowania nieruchomości następuje w związku z wnioskiem Spółki i jest wynikiem wzajemnych uzgodnień stron umowy.
W uzupełnieniu wniosku Spółka podała, że ww. umowa z 14 grudnia 1998r. na dzień nabycia przez Spółkę w drodze aportu prawa do użytkowania wieczystego gruntu (26 marca 2009r.) zobowiązywała do zakończenia zabudowy terenu w terminie 8 lat od daty rozpoczęcia zabudowy. Rozpoczęcie wykonywania pierwszego etapu zabudowy nieruchomości miało mieć miejsce 4 lata od zawarcia umowy. Zakończenie zabudowy powinno było mieć miejsce do 14 grudnia 2010r. Spółka nie dotrzymała terminu z powodów od niej niezależnych, gdyż otrzymała nieruchomość aportem w terminie uniemożliwiającym terminową zabudowę. Uzyskanie decyzji o: warunkach zabudowy i pozwoleniu na budowę oraz samą budowę należałoby skończyć przez 2 lata (od 26 marca 2009r. do 14 grudnia 2010r.) Było to niemożliwe z uwagi na długość postępowań administracyjnych (możliwość skarg i wniosków sąsiadów, ekologów) i długość procesów technicznych związanych z zabudową. Pierwotną umowę podpisał P. S.A., nabywając prawo użytkowania wieczystego ww. nieruchomości (nr ewid. [...] z obrębu [...], pow. 32 ha 28 a i 9 m². Z ww. nieruchomości wyodrębniono: a) działkę [...], o pow. 1 ha 37 a i 14 m², przeznaczoną pod trasę N-S, którą nieodpłatnie przekazano W. na podstawie umowy z 4 października 2002r., b) działkę [...], o pow. 21 ha 50 a i 99 m², która nabyła 6 sierpnia 2003r. Spółka i spółka zależna z Grupy Kapitałowej P. - Q. sp. z o.o., c) działkę [...], o pow. 9 ha39 a i 96 m², którą 26 marca 2009r. wniesiono aportem do Spółki, której wspólnikami są P. S.A. i Q. sp. z o.o.