Z tytułu sprzedaży nieruchomości powstanie obowiązek zapłaty albo podatku od towarów i usług, albo podatku od czynności cywilnoprawnych. Nie może mieć miejsca sytuacja, gdy przynajmniej część ceny sprzedaży nieruchomości nie podlega opodatkowaniu żadnym z tych podatków (w jednym zwolniona, a w drugim nieobjęta). Skoro bowiem nie stanowi przedmiotu dostawy wzniesiony na gruncie Budynek, nie wychodzi on do podstawy opodatkowania - transakcja sprzedaży nie podlega zatem w tej części opodatkowaniu podatkiem VAT. W takiej sytuacji zastosowanie wyłączenia z opodatkowania PCC powodowałoby nieobjęcie tego przedmiotu umowy sprzedaży ani podatkiem VAT ani PCC.
W myśl art. 6 ust. 1 pkt 1 u.p.c.c. przy umowie sprzedaży podstawę opodatkowania stanowi wartość rynkowa rzeczy lub prawa majątkowego. Zgodnie natomiast z art. 6 ust. 2 u.p.c.c. wartość rynkową przedmiotu czynności cywilnoprawnych określa się na podstawie przeciętnych cen stosowanych w obrocie rzeczami tego samego rodzaju i gatunku, z uwzględnieniem ich miejsca położenia, stanu i stopnia zużycia, oraz w obrocie prawami majątkowymi tego samego rodzaju, z dnia dokonania tej czynności, bez odliczania długów i ciężarów. Oznacza to, że podstawą opodatkowania nie jest cena sprzedaży. Ustawodawca nie nawiązuje do ceny, a wprost odnosi się do wartości rynkowej.
Należy zatem wskazać, że fakt określenia przez strony w umowie jedynie ceny Gruntu nie ma wpływu na zakres i wysokość podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych tej umowy sprzedaży Budynku na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 1 u.p.c.c. Przepis art. 6 ust. 2 u.p.c.c. jednoznacznie wskazuje, że wartość rynkową przedmiotu czynności cywilnoprawnych określa się bez odliczania długów i ciężarów. O podstawie opodatkowania tym podatkiem decyduje bowiem wartość rynkowa Budynku z chwili zawarcia umowy (art. 3 ust. 1 u.p.c.c.).
Odnosząc się natomiast do powołanego w skardze wyroku WSA z 19 lutego 2019 r. i wynikającej z niego konkluzji, że czynność związana ze zwrotem nakładów na budowę Budynku na obcym gruncie była traktowana jako świadczenie usług polegające opodatkowaniu podatkiem VAT, pozostaje bez wpływu na objęcie podatkiem PCC wartości sprzedaży po odjęciu z podstawy opodatkowania wartości wyłączonego z opodatkowania Gruntu. Rozliczenie nakładów poniesionych na grunt i związane z tym rozliczeniem opodatkowanie podatkiem VAT dotyczy odrębnej od umowy sprzedaży czynności rozliczenia nakładów. Nie może być zatem przyjęta jako podstawa do wyłączenia z art. 2 pkt 4 lit. a) umowy sprzedaży w zakresie, w jakim jej przedmiotem jest budynek.
Z uwagi na powyższe, na podstawie art. 151 P.p.s.a., Sąd oddalił skargę.