Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Alojzy Skrodzki, Sędziowie sędzia WSA Honorata Łopianowska (sprawozdawca), sędzia WSA Anna Wesołowska, Protokolant referent-stażysta Joanna Wodzińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 3 lutego 2017 r. sprawy ze skargi I. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] grudnia 2015 r. nr [...] [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. oddala skargę
Dnia 30 marca 2015 r. I.[dalej: "Instytut" lub "Skarżący"] złożył korektę zeznania CIT-8 za okres 1 stycznia - 31 grudnia 2009 r., w której wykazała przychody w kwocie 23 857 975,35 zł, koszty uzyskania przychodów w kwocie 22 575 884,54 zł, dochód w kwocie 1 282 090,81 zł, dochody wolne w kwocie 929 950,39 zł, odliczenia od dochodu w kwocie 352 140,42 zł, podstawę opodatkowania 0 zł, podatek 0 zł. W informacji CIT-8/0 stanowiącej załącznik do korekty Instytut wykazał dochody [przychody] wolne od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych [Dz.U. z 2014 r., poz. 851, z późn. zm.] w kwocie 123 931,38 zł, pozostałe dochody wolne od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 przywołanej ustawy w kwocie 806 019,01 zł, stratę z lat ubiegłych podlegającą odliczeniu w kwocie 352 140.42 zł, w tym stratę do odliczenia poniesioną w 2005 r. w kwocie 53 888,48 zł, oraz stratę do odliczenia poniesioną w 2007 r. w kwocie 298 251,94 zł.
W związku z zakwestionowaniem powyższej korekty Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. postanowieniem z [...] lipca 2015 r. wszczął postępowanie podatkowe w zakresie weryfikacji prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2009 r. a następnie decyzją z [...] września 2015 r., nr [...] , określił Instytutowi zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2009 r. w wysokości 51 386,00 zł.
Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, Instytut pismem z 30 września 2015 r. złożył w ustawowym terminie odwołanie, w którym wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji i rozstrzygnięcie sprawy co do istoty.
Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z [...] grudnia 2015 r., nr [...] [...] , utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję, wskazując, że z akt sprawy wynika, że Instytut posiadał w 2009 r. status jednostki badawczo-rozwojowej w rozumieniu ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych. Przedmiotem działalności I. w tym okresie, wynikającym ze statutu i wpisu do rejestru sądowego było prowadzenie badań naukowych, prac naukowych, prac rozwojowych, projektowych, wdrożeniowych i usługowych oraz uczestniczenie w systemie oceny zgodności w dziedzinie kolejnictwa i miejskiego transportu szynowego. W ocenie organu Instytut jako jednostka badawcza realizująca cele statutowe mógł korzystać ze zwolnienia podatkowego wynikającego z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, pod warunkiem przeznaczenia dochodu - bez względu na termin - na cele określone w tym przepisie. Organ zastrzegł jednocześnie, że wydatki poniesione w związku z realizacją celu statutowego nie są uwzględniane jako koszty uzyskania przychodów przy obliczaniu dochodu podlegającego opodatkowaniu lub straty podatkowej i jeżeli podatnik ponosi wydatki, które w myśl art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie stanowią kosztów uzyskania przychodów, ich równowartość wpływa na zwiększenie dochodu, ale jeżeli wydatki te były poniesione na cele statutowe, dochód powstały z tego tytułu jest wolny od podatku.