Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Wojciech Mazur, Sędzia WSA Marek Wroczyński, Protokolant Barbara Iwańska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 listopada 2006 r. sprawy ze skargi "A" Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] listopada 2005 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz "A" sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 8.200 zł (słownie: osiem tysięcy dwieście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej zaskarżoną decyzją z dnia [...] listopada 2005 r. Nr [...], po ponownym rozpoznaniu sprawy w związku z uchyleniem przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, wyrokiem z dnia 31 maja 2005 r. w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 1998/04, decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] sierpnia 2004 r. wydanej w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w kwocie [...] zł w miejsce zadeklarowanego w wysokości [...] zł, postanowił uchylić w części własną decyzję z dnia [...] marca 2004 r. określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w kwocie [...] zł oraz wysokość odsetek za zwłokę od przyjętej w prawidłowej wysokości zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za miesiąc styczeń 1999 r. w kwocie [...] zł, określił zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w wysokości [...] zł oraz umorzył postępowanie w sprawie określenia wysokości odsetek za zwłokę od przyjętej prawidłowej wysokości zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za miesiąc styczeń 1999r.
W uzasadnieniu decyzji organ wskazał, że decyzją z dnia [...] marca 2004 r. określona została wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 1999 w kwocie [...] zł w miejsce podatku zadeklarowanego w kwocie [...] zł oraz wysokość odsetek za zwłokę od przyjętej w prawidłowej wysokości zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za miesiąc styczeń 1999 r.
Powodem określenia zobowiązania w innej wysokości niż wynikająca ze złożonego zeznania były ustalenia postępowania podatkowego, w których stwierdzono, że spółka w 1999r. zaniżyła dochód do opodatkowania o kwotę [...] zł.
Na zaniżenie według organu miało wpływ zarówno zaniżenie przychodów o łączną kwotę [...] zł z tytułu nie uwzględnienia w przychodach odsetek od dysponowania obcym kapitałem jak i zawyżenie kosztów uzyskania przychodów o łączną kwotę per saldo [...] zł. Na kwotę tę składały się:
1) odsetki od części kredytów przeznaczonych na cele nie związane z przychodami spółki [...] zł;
2) kwota [...] zł stanowiąca nieudokumentowane wydatki na reklamę zagraniczną;
3) naliczona amortyzacja w kwocie [...] zł od wartości niematerialnych i prawnych, którą zdaniem strony stanowiła wartość firmy;
4) wydatki inwestycyjne [...] zł dot. renowacji pałacu w L. zaliczone bezpośrednio w koszty spółki;
5) wydatki w kwocie [...] zł m.in. na:
wypłatę dla członka rady nadzorczej spółki opłacenie ubezpieczenia OCi AC prywatnego samochodu prezesa spółki;
podatek od nieruchomości i ubezpieczenie domu letniskowego prezesa zarządu spółki;
zakup książek;
opłatę sądową za stwierdzenie nabycia spadku;
kosztów aktu notarialnego obcego podmiotu gospodarczego;